Question

我有一个第一行是标题的文件。标题可以包含空格和＃符号（也可能有其他特殊字符）。我试图使用read.csv或read.table读取此文件，但它一直让我犯错：

undefined columns selected 

more columns than column names

我的制表符分隔的chromFile文件如下所示：

Chromosome# Chr chr Size    UCSC NCBI36/hg18    NCBIBuild36 NCBIBuild37
1   Chr1    chr1    247199719   247249719   247249719   249250621
2   Chr2    chr2    242751149   242951149   242951149   243199373

命令：

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep="\t",skip =0, header = TRUE,  )

我想首先寻找一种方法来读取文件，而不用替换空格或＃和其他可读符号。

Answer 1

来自文档（?read.csv）：

comment.char 字符：长度为1的字符向量，包含单个字符或空字符串。使用＆＃34;＆＃34;完全关闭评论的解释。

默认为comment.char = "#"，这会给您带来麻烦。在文档之后，您应该使用comment.char = ""。

标题中的空格是另一个问题，正如mrdwab所指出的那样，可以通过设置check.names = FALSE来解决。

chromosomes <- read.csv(chromFile, sep = "\t", skip = 0, header = TRUE,
                        comment.char = "", check.names = FALSE)

无法使用“＃”读取文件，使用R中的read.table或read.csv读取空格

1 个答案: