如何在Matlab中执行TukeyHSD测试并使用字母获取分组对？

Question

如何在Matlab中的Anova之后执行TukeyHSD事后测试，并使用字母获取包含已排序分组对的表格？

示例：

X具有4次处理（柱），4次重复（行）：

x=[9 1 3.1
   5 2 3.2
   7 1.1 3
   8 1.2 3]

单因素方差分析：

[p,a,s] = anova1(x)

多比较结果：

[c,m,h,nms] = multcompare(s)

如何得到这样的结果？

treatment   mean      Tukey_group
1           7.2500    a
2           1.3250    b
3           3.0750    b

请参阅R中的类似示例：

https://stats.stackexchange.com/questions/31547/how-to-obtain-the-results-of-a-tukey-hsd-post-hoc-test-in-a-table-showing-groupe

Answer 1

我想我有一个解决方案。我为此开发了一个Matlab函数：

示例：

x=[9.0 1.0 3.1
5.0 2.0 3.2
7.0 1.1 3.0
8.0 1.2 3.0];

按新月顺序对x进行排序

[me or]=sort(mean(x),2);
xo=x(:,or);

ANOVA

[p,a,s] = anova1(xo);

使用HSD Tukey进行Multcompare，显着性为5％：

[c,m,h,nms] = multcompare(s,'alpha',0.05,'ctype','hsd');

使用开发的函数进行事后分组：

phg = phgroup(xo,c);

开发的函数phgroup：

function phg = phgroup(xo,c)
%
% Input:
% x: data matrix with treatments in rows and observations in columns
% c: matrix of pairwise comparison results from multcompare test
% 
% WARNING: is indispensable that the means of x matrix are sorted in crescent order.
%


% Getting significant pairwise comparisons
gr=1;
for i=1:size(c,1)
if c(i,3)>0&&c(i,5)>0||c(i,3)<0&&c(i,5)<0
tt(c(i,2),c(i,1))=0;
gr=gr+1;
else
tt(c(i,1),c(i,1))=gr;
tt(c(i,2),c(i,1))=gr;
end
end

% Setting groups if all non-significant
if isempty(find(tt>0))==1
for i=1:size(tt,1)
    gr=gr+1;
    tt(i,i)=gr;
end
end

% Setting groups if some non-significant
for i=1:size(tt,1)
    if isempty(find(tt(i,:)>0))==1
        tt(i,i)=gr+1;
        gr=gr+1;
    end
end

% Correcting repeated groups
for i=1:size(tt,2)-1
    if max(find(tt(:,i+1)>0))==max(find(tt(:,i)>0))
        tt(find(tt(:,i+1)>0),i+1)=tt(i,i);
    end
end
mx=max(tt);
for i=1:size(tt,2)-1
    if max(tt(:,i+1))==mx(i)
        tt(find(tt(:,i+1)>0),i+1)=0;
    end
end

% Setting sequential groups
[B,IX] = sort(nonzeros(max(tt))');
for l=1:size(tt,1)
    for c=1:size(tt,2)
        if tt(l,c)>0
            for u=1:size(B,2)
                if tt(l,c)==B(u)
                    tt(l,c)=IX(u);
                end
            end
        end
    end
end

% Assigning letters to groups
gn=['a';'b';'c';'d';'e';'f';'g';'h';'i';'j';'k';'l';'m';'n';'o';'p';'q';'r';'t';'u';'v';'w';'x';'y';'z'];
for i=1:size(tt,1)
tg=[];
    ttu=nonzeros(unique(tt(i,:)))';
    for j=1:size(ttu,2)
            tg=[tg gn(ttu(1,j))];
            TG{i,1}=tg;
    end
end

% Getting output table
m1=[mean(xo);std(xo)]';
m1=[num2cell(m1) TG];
me1=['mean';m1(:,1)];
st=['std';m1(:,2)];
gr=['group';m1(:,3)];
phg=[me1 st gr];