Question

我正在尝试构建一个脚本，以便根据Biopython教程和Cookbook（Chapter 7）将我的fasta文件从焦磷酸测序与核苷酸GenBank数据库进行比较。

当进程正在运行时，提示符显示以下消息：

result_handle=NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.seq)
            ^
SyntaxError: invalid syntax

我不知道问题是什么，或者如何修复它。我的脚本可能有以后的错误。但是现在，我不能再继续用它了。

Answer 1

从您提供的代码段中，您只需要关闭open命令的括号内容 - format是一个传递给SeqIO.read的参数，而不是open

record=SeqIO.read(open("/Users/imac/Desktop/sinchimeras_1.fasta"), # close parens
    format="fasta")
result_handle=NCBIWWW.qblast("blastn", "nt", record.seq)
archivo1=open("/Users/imac/Desktop/bacsoilpia0_otu.xml", "w")
archivo1.write(result_handle.read())

使用Biopython在线运行BLAST时出现语法错误

1 个答案: