是否有可能用python / biopython做igblast（分析免疫球蛋白（Ig）序列）

Question

我很熟悉python / biopython，并尝试使用biopython进行爆炸：

from Bio.Blast import NCBIWWW
    fasta_string = open("C:\\xxxx\\xxxx\\xxxx\\abc.fasta").read()
    result_handle = NCBIWWW.qblast("blastp", "nr", fasta_string)
    print result_handle.read()

我想知道是否可以使用biopython运行igblast。我已经搜索过了，但是似乎没有人真正在这样做。

Answer 1

我还没有尝试过，但是我发现了：

1. pyigblast。

  

PyIgBlast-开源解析器，调用IgBlast并解析结果   高通量测序。使用Python多处理来解决   IgBlast多线程的瓶颈。将爆炸输出解析为   限定文件（csv，json）以上传到数据库。可以连接   直接与mysql和mongo实例直接插入。

代码使用Python 2.7和BioPython。

1. PyIR

  

免疫球蛋白和T细胞受体重排软件。 IgBLAST的Python包装器，可扩展以允许在共享内存计算机上并行处理数百万次读取。所有输出均以方便的JSON格式存储。

代码使用Python 3.6和BioPython。

这两个工具都使用本地安装的igblastn可执行文件。您可以使用conda install igblast在本地安装igblastn。