Question

我是BioPython的新手，我正在尝试导入fasta / fastq文件并遍历每个序列，同时对每个序列执行一些操作。我知道这似乎是基本的，但我的代码由于某种原因无法正确打印。

from Bio import SeqIO

newfile = open("new.txt", "w")
records = list(SeqIO.parse("rosalind_gc.txt", "fasta"))

i = 0
dna = records[i]

while i <= len(records):
    print (dna.name)
    i = i + 1

我试图基本遍历记录并打印名称，但是我的代码最终只打印“records [0]”，我希望它打印“records [1-10]”。有人可以解释为什么它最终只打印“记录[0]”？

Answer 1

您遇到问题的原因在于：

i = 0
dna = records[i]

您的对象'dna'固定为记录的索引0，即记录[0]。由于您没有再次调用它，因此dna将始终固定在该声明上。在while循环中的print语句中，使用以下内容：

while i <= len(records):
    print (records[i].name)
    i = i + 1

如果您希望将对象dna作为记录条目的副本，则需要将dna重新分配给每个索引，在while循环中进行此操作，如下所示：

while i <= len(records):
    dna = records[i]
    print (dna.name)
    i = i + 1

然而，这不是最有效的方式。最后，为了你学习，比使用i = i + 1的while循环更好的方法是使用for循环，如下所示：

for i in range(0,len(records)):
    print (records[i].name)

for循环逐个自动进行迭代。 range（）将给出一组从0到记录长度的整数。还有其他方法，但我保持简单。

BioPython迭代来自fasta文件的序列

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