相关矩阵构建网络

Question

我在R中使用了MixOmics包用于两个矩阵（规范相关分析），并且我得到了一个结果相关矩阵。我想从获得的结果建立一个相关网络。我之前想过使用基因集相关分析包，但我不知道如何安装它，互联网上没有任何来源安装在R（http://www.biostat.wisc.edu/~kendzior/GSCA） /).

你也可以建议我可以使用哪些其他包来构建具有相关矩阵作为输入的网络？我想到了Rgraphviz，但不知道是否有可能。

Answer 1

主要根据我之前在https://stackoverflow.com/a/7600901/567015

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qgraph包主要用于将关联矩阵可视化为网络。这将把变量绘制为节点，将相关性绘制为连接节点的边。绿色边缘表示正相关，红色边缘表示负相关。边缘越宽越饱和，绝对相关性越强。

例如（这是帮助页面中的第一个示例），以下代码将绘制240变量数据集的相关矩阵。

library("qgraph")
data(big5)
data(big5groups)
qgraph(cor(big5),minimum=0.25,cut=0.4,vsize=2,groups=big5groups,legend=TRUE,borders=FALSE)
title("Big 5 correlations",line=-2,cex.main=2)

您还可以将强关联节点聚类在一起（使用Fruchterman-Reingold），这可以创建相关矩阵结构实际上看起来非常清晰的图像：

有关详细介绍，请查看http://www.jstatsoft.org/v48/i04/paper

Answer 2

您可能还想查看CRAN上的network和sna个包。两者都包括用于将矩阵转换为网络数据对象的工具。