Question

从stan webpage开始标准示例时，如下所示：

schools_code <- '
  data {
   int<lower=0> J; // number of schools 
   real y[J]; // estimated treatment effects
   real<lower=0> sigma[J]; // s.e. of effect estimates 
 } 
 parameters {
   real theta[J]; 
   real mu; 
   real<lower=0> tau; 
 } 
 model {
   theta ~ normal(mu, tau); 
   y ~ normal(theta, sigma);
 } 
 '

  schools_dat <- list(J = 8, 
                 y = c(28,  8, -3,  7, -1,  1, 18, 12),
                 sigma = c(15, 10, 16, 11,  9, 11, 10, 18))

 fit <- stan(model_code = schools_code, data = schools_dat, 
           iter = 1000, n_chains = 4)

（这是从here）

获得的

然而，这只能为我提供参数后验的分位数。所以我的问题是：如何获得其他百分位数？我猜测它应该类似于错误（？）

评论：我试图引入标记stan但是，我的名声太少;）抱歉

Answer 1

从rstan v1.0.3开始（尚未发布），您可以直接在apply()生成的stanfit class对象上使用主力stan() function函数。如果fit是从stan()获得的对象，那么例如

apply(fit, MARGIN = "parameters", FUN = quantile, probs = (1:100) / 100)

或

apply(as.matrix(fit), MARGIN = 2, FUN = quantile, probs = (1:100) / 100)

前者将FUN应用于每个链中的每个参数，而后者在将FUN应用于每个参数之前组合链。如果你只对一个参数感兴趣，那么就像

beta <- extract(fit, pars = "beta", inc_warmup = FALSE, permuted = TRUE)[[1]]
quantile(beta, probs = (1:100) / 100)

是一个选项。

Answer 2

这是我的尝试希望这是正确的：

假设fit是从stan(...)获得的对象。那么任何百分位数的后验都来自：

quantile(fit@sim$sample[[1]]$beta, probs=c((1:100)/100))

其中方括号中的数字是链接我猜。如果还不清楚：我使用rstan

如何获得stan中参数的完全边际分布

2 个答案: