Question

我有一个脚本可以对蛋白质进行一些计算。完成后，方法将导入pymol模块，并使用pymol.cmd API在PyMOL会话中显示结果。该过程类似于以下内容：

def display_results(results, protein_fn):
    import pymol
    pymol.cmd.load(protein_fn)
    pymol.cmd.alter(...)
    ...

protein_fn = "1abc.ent"
results = analyze_protein(protein_fn)
display_results(results, protein_fn)

但是，我的脚本不一定需要在PyMOL中显示结果，我想这只是在安装并运行PyMOL时才能完成。

很容易检查是否安装了PyMOL（我可以只try: import pymol），但有没有办法检查是否有一个活动的PyMOL会话来显示结果？

Answer 1

我不是PyMOL的专家（还没有编写脚本），但我看到了两种可能的方式：

做一些微不足道的事情，需要一个开放的PyMOL会话并捕获例外
查看流程名称（类似os.system("ps ux | grep -i pymol")）

第一种方式更好，第二种方式是肮脏的黑客。

Answer 2

我通常只做以下事情：

try:
    import pymol
    pymol_imported = True
except:
    pymol_imported = False

然后

if pymol_imported:
    display_results(...)

我不知道这是Python＆＃34;最佳实践＆＃34;，但PyMol脚本在大多数情况下通常只是快速，一次性的事情，无论如何。

只有在PyMOL运行时调用函数

2 个答案: