因此，我正在编写代码以将两个不同的pdb文件加载并对齐到pymol中，然后保存每个文件中的部分。我将需要在几个不同的文件上运行它。不幸的是，当我尝试从bash脚本启动pymol时，它会出现段错误。如果我只告诉它启动pymol，它甚至会出现段错误，而当我从命令行（手动键入）启动pymol时，这绝不会发生。为什么会发生这种情况，我该如何解决或解决分段故障问题？
我尝试将bash脚本简化为仅调用pymol来确定问题出在哪里，但它仍然会给seg-fault核心转储错误
编辑：为明确起见，align.sh是仅在下面调用pymol的脚本
#!/bin/bash
pymol
#run align2.py
#aligning x147new.pdb, c2pucker.pdb
./align.sh: line 2: 21815 Segmentation fault (core dumped) pymol
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感谢您的帮助danlor，该机器上似乎还有其他问题与pymol的anaconda下载（不幸的是已经倒闭）有关（我下载了Schrodingers以便尽快找出python脚本来破坏）在获取结果时避免同时使用命令行和GUI，pymol中的任何内容均不起作用）。重新启动后，它也从命令行崩溃，就像从脚本一样。附带说明一下，如果有人可以帮助我找到pymol文件可能隐藏的另一个地方，以便我进行全新安装，那将是最有用的。
答案 1 :(得分：0)
手动安装一些依赖项可以解决此问题：
sudo apt-get install git build-essential python3-dev libglew-dev \
libpng-dev libfreetype6-dev libxml2-dev \
libmsgpack-dev python3-pyqt5.qtopengl libglm-dev libnetcdf-dev