如果通过RScript调用tryCatch不会捕获错误

时间：2012-07-09 10:45:30

标签： r try-catch

我在R中遇到一个奇怪的问题。

考虑以下代码（实际代码的真正简化版本，但仍有问题）：

library(timeSeries)

tryCatch(
{
  specificWeekDay <- 2

  currTs <- timeSeries(c(1,2),c('2012-01-01','2012-01-02'),
                       format='%Y-%m-%d',units='A')
  # just 2 dates out of range
  start <- time(currTs)[2]+100*24*3600
  end <- time(currTs)[2]+110*24*3600

  # this line returns an empty timeSeries
  currTs <- window(currTs,start=start,end=end)

  message("Up to now, everything is OK")

  # this is the line with the uncatchable error
  currTs[!(as.POSIXlt(time(currTs))$wday %in% specificWeekDay),] <- NA

  message("I'm after the bugged line !")

},error=function(e){message(e)})

message("End")

当我在RGui中运行该代码时，我正确地得到以下输出：

  

到目前为止，一切都很好   评估论证时的错误＆＃39; i＆＃39;在   选择功能方法＆＃39; [＆lt; - ＆＃39;：错误   as.POSIXlt.numeric（time（currTs））：＆＃39; origin＆＃39;必须提供
  端

相反，当我使用以下行通过RScript（在Windows中）运行它时：

RScript.exe --vanilla "myscript.R"

我得到了这个输出：

  

到目前为止，一切都很好   执行中断

似乎RScript崩溃......

有关原因的任何想法？
这是一个timeSeries包错误，还是我做错了什么？ 如果是后者，那么确保捕获所有错误的正确方法是什么？

提前致谢。

编辑：

这是一个较小的例子，可以复制不使用timeSeries包的问题。要测试它，只需按上述方法运行它：

library(methods)
# define a generic function
setGeneric("foo", 
           function(x, ...){standardGeneric("foo")})
# set a method for the generic function
setMethod("foo", signature("character"),
          function(x) {x})
tryCatch(
{
  foo("abc")
  foo(notExisting)
},error=function(e)print(e))

这似乎与泛型方法调度有关;当方法的参数导致错误时，调度程序无法找到该方法的签名，并且后续提出tryCatch函数在通过RScript运行时似乎无法处理的异常。 奇怪的是，例如print(notExisting)并不会发生这种情况;在这种情况下，正确处理异常。

有关原因以及如何捕捉此类错误的任何想法？

注意：
我在Windows 7上使用R-2.14.2

2 个答案:

答案 0 :(得分：16)

问题在于实现S4方法调度的内部C代码尝试捕获和处理某些错误以及如何在此方法中处理非交互式案例。应该在R-devel和R-patched中进行解决方案。

解决方案现在致力于R-devel和R-patched。

答案 1 :(得分：6)

关于tryCatch()的信息[OP已经知道并使用但我没有注意到]

我认为你错过了你的tryCatch() 不对错误做了什么特别的事情，因此你正在以正常的方式引发错误。在交互式使用中，错误以通常的方式抛出和处理，但是在非交互式会话（la Rscript）中运行的脚本内的错误将中止正在运行的脚本。

tryCatch()是一个复杂的函数，它允许捕获和处理R中的各种事件，而不仅仅是错误。但是，默认情况下，它被设置为模仿标准R错误处理过程;基本上允许R抛出并报告错误。如果你想让R做除基本行为以外的任何事情，那么你需要为错误添加一个特定的处理程序：

> e <- simpleError("test error")
> tryCatch(foo, error = function(e) e,
+          finally = writeLines("There was a problem!"))
There was a problem!
<simpleError in doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler): object 'foo'
not found>

我建议您更详细地阅读?tryCatch，以便更好地了解它的作用。

另一种方法是使用try()。要修改你的脚本，我会这样做：

# this is the line with the uncatchable error
tried <- try(currTs[!(as.POSIXlt(time(currTs))$wday %in% specificWeekDay),] <- NA,
             silent = TRUE)
if(inherits(tried, "try-error")) {
    writeLines("There was an error!")
} else {
    writeLines("Everything worked fine!")
}

关键是保存从try()返回的对象，以便您可以测试该类，并使try()静默运行。考虑一下差异：

> bar <- try(foo)
Error in try(foo) : object 'foo' not found
> bar <- try(foo, silent = TRUE)
> class(bar)
[1] "try-error"

请注意，在上面的第一个调用中，错误被和报告为消息。在第二个，没有报道。在这两种情况下都会返回类"try-error"的对象。

在内部，try()被编写为对tryCatch()的单个调用，该调用为错误处理程序设置自定义函数，该函数将错误报告为消息并设置返回的对象。您可能希望研究try()的R代码作为使用tryCatch()的另一个示例。

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