我试图为我从R-blogger获得的optparse包运行一些演示R代码。我正在使用ubuntu 14.04
代码是:
#!/usr/bin/env Rscript
library(optparse)
option_list = list( make_option(c("-f", "--file"),
type="character", default=NULL,
help="dataset file name",
metavar="character"),
make_option(c("-o", "--out"),
type="character", default="out.txt",
help="output file name [default=
%default]", metavar="character")
);
opt_parser = OptionParser(option_list=option_list);
opt = parse_args(opt_parser);
if (is.null(opt$file)){
print_help(opt_parser)
stop("At least one argument must be supplied (input file).n",
call.=FALSE)
}
## program...
df = read.table(opt$file, header=TRUE)
num_vars = which(sapply(df, class)=="numeric")
df_out = df[ ,num_vars]
write.table(df_out, file=opt$out, row.names=FALSE)
如果整个脚本使用以下调用保存在名为yasrs.R的文件中:
Rscript --vanilla yasrs.R
应该返回帮助消息。
我收到错误:
Rscript --vanilla yasrs.R库中的错误(optparse):没有名为'optparse'的包
我在编写代码时通过RStudio安装了软件包(optparse),并确保在从终端调用时安装它。终端和RStudio都运行相同的R版本。
任何建议将不胜感激。
答案 0 :(得分:2)
RStudio在哪里安装optparse
?从packageDescription("optparse")
获取。
然后检查.libPaths()
环境中的Rscript
和RStudio环境的输出。也许RStudio把它粘在了RScript看不到的地方。
然后检查即使它们可能是R的相同版本,它们可能是两个不同的安装。 R.home()
在每个中都说了什么?
这些内容中的一个或多个将向您展示它为什么找不到它。解决方案可能是编写并运行一个安装它的RScript,然后你应该相当确定它将会进入RScript将来会找到它的位置。