库中的错误(optparse):没有名为'optparse'的包

时间:2016-02-23 10:23:10

标签: r rscript

我试图为我从R-blogger获得的optparse包运行一些演示R代码。我正在使用ubuntu 14.04

代码是:

#!/usr/bin/env Rscript
library(optparse)

option_list = list( make_option(c("-f", "--file"), 
                                type="character", default=NULL, 
                                help="dataset file name",        
                                metavar="character"),
                    make_option(c("-o", "--out"), 
                                type="character", default="out.txt", 
                                help="output file name [default=     
                                      %default]", metavar="character")
                  ); 

opt_parser = OptionParser(option_list=option_list);
opt = parse_args(opt_parser);

if (is.null(opt$file)){
    print_help(opt_parser)
    stop("At least one argument must be supplied (input file).n",    
    call.=FALSE)
}

## program...
df = read.table(opt$file, header=TRUE)
num_vars = which(sapply(df, class)=="numeric")
df_out = df[ ,num_vars]
write.table(df_out, file=opt$out, row.names=FALSE)

如果整个脚本使用以下调用保存在名为yasrs.R的文件中:

Rscript --vanilla yasrs.R

应该返回帮助消息。

我收到错误:

Rscript --vanilla yasrs.R库中的错误(optparse):没有名为'optparse'的包

我在编写代码时通过RStudio安装了软件包(optparse),并确保在从终端调用时安装它。终端和RStudio都运行相同的R版本。

任何建议将不胜感激。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

RStudio在哪里安装optparse?从packageDescription("optparse")获取。

然后检查.libPaths()环境中的Rscript和RStudio环境的输出。也许RStudio把它粘在了RScript看不到的地方。

然后检查即使它们可能是R的相同版本,它们可能是两个不同的安装。 R.home()在每个中都说了什么?

这些内容中的一个或多个将向您展示它为什么找不到它。解决方案可能是编写并运行一个安装它的RScript,然后你应该相当确定它将会进入RScript将来会找到它的位置。