我在qsub错误日志中没有收到错误消息，即使我遇到了错误

Question

这是我的.sh脚本

#PBS -N Polygenic
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l walltime=8:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l mem=4gb
#PBS -o $HOME/${PBS_JOBNAME}.o${PBS_JOBID}.log
#PBS -e $HOME/${PBS_JOBNAME}.e${PBS_JOBID}.err

module load R
Rscript /group/stranger-lab/ebeiter/PolygenicAdaptationCode-master/Example/Run_Files/exampleHeightRunFile.R

我知道我的Rscript在390中的第71行遇到了错误，因为我已经在群集之外运行它然后停止了。但是当我查看我的错误日志时，它完全是空白的。这项工作需要大约6个小时才能运行，而我一直在做的就是在我的4GB Ram Macbook上运行它，但这需要花费很多时间，管道正在破坏我的外壳并且我已经超时了。我想将它作为一个作业提交到集群作为qsub，但我没有得到任何关于我的日志中的错误的反馈，所以我不能这样做。出了什么问题？

Answer 1

我建议从Rscript重定向错误。我像

一样运行它

Rscript >>output.txt 2>&1 script.R

PBS脚本中的

。我怀疑Rscript错误没有被调度程序捕获。