我在毕业设计上做了一些工作，并在Lennard-Jones势和库仑势+分子间键合（如图）中实现了几个分子结构+力计算
（http://img17.imageshack.us/img17/3133/simulasyon.png）
所有在一个线程中完成Verlet算法。
问题是：我使用“计算表” - 阵列快速回答x ^（3.5），x ^（1.4），（1 / x）....因为使用本机计算速度非常慢java的方法。数组 - 访问时间真的很高，所以我尝试了“unsafe（）”方法，但仍然非常慢（只有％10性能增益）。
尝试过IntBuffer和DoubleBuffer但仍然没有好处。
程序计算O（n）键计算，O（nlog（n））Lennard-Jones（+额外Pauli排除原理）和O（nlog（n））库仑力计算。 1500+粒子（和7000+键）的速度很差。
我已经检查了速度瓶颈在哪里（它是Lennard Jones + Coulomb）。 1500粒子的一次计算需要4毫秒。我需要它是1毫秒。
只有我可以像任何其他语言一样快速使用数组（安全与否）。
还尝试用乘法和散列映射和列表替换除法（与数组相同的性能）。
您是否知道减少每个时间步计算时间的其他方法？ 谢谢。 计算机：2.0 GHz单核intel，1.2GB RAM，windows-XP SP-3和Eclipse Indigo。
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尝试使用切比雪夫多项式，而不是使用查找表。请记住，您只能在ln（k）步骤中取幂x ^ k。
它可能看起来像很多操作，但事实上，在没有命中内存（因此不影响缓存）的情况下可以使它明显快于查找表。