来自CLUSTERGRAM对象的置换向量（MATLAB）

Question

我正在使用Bioinformatics Toolbox中的CLUSTERGRAM对象（版本3.7）。 MATLAB版本R2011a。

我想获得clustergram的行和列的排列向量，就像我可以用dendrogram函数做的那样：

x = magic(10);
>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euc'))
permrows =
     9    10     6     7     8     1     2     4     5     3
>> [~,~,permcols] = dendrogram(linkage(x','average','euc'))
permcols =
     6     7     8     9     2     1     3     4     5    10

我发现群集和树形图中的聚类不一样，很可能是由于最优的叶子排序计算（我不想禁用它）。

例如，对于来自：

的clustergram

clustergram(x)

（'average'和'eucledian'是clustergram的默认方法）

载体（如附图所示）应为：

permrows = [1 2 4 5 3 10 9 6 7 8];
permcols = [1 2 8 9 6 7 10 5 4 3];

那么，如何以编程方式获取这些向量？有人熟悉这个对象吗？

有人可以建议一个好的选择吗？我知道我可以创建一个结合imagesc和树形图函数的相似图形，但是在树形图中叶子排序比在树形图中更好（最优）。

Answer 1

通过查看文档，我猜get(gco,'ColumnLabels')和get(gco,'RowLabels')，其中gco是clustergram对象，应该为您提供重新排序的标签。请注意，相应的set - 方法会按原始顺序接收标签，并在内部重新排序。

因此，如果您使用了自定义标签（set(gco,'RowLabels',originalLabels)）

[~,permrows] = ismember(get(gco,'RowLabels'),originalLabels)

应该返回行排列。