Question

我的一般问题是，在使用iGraph生成图形时，我松开了顶点名称/标签（此处不确定正确的单词）。

我有一个二分网络的边缘列表IC_edge_sub，如下所示：

  new_individualID new_companyID
1             <NA>     10024354c
3        10069415i      2020225c
4        10069415i     16020347c
5        10069272i      2020225c
6        10069272i     16020347c
7        10069274i      2020225c

然后我创建了一个图元素：

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types = 
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

然后折叠它以仅识别companyID之间的连接

IC_projected_graphs <- bipartite.projection(IC_twomode, types =   
                         is.bipartite(IC_twomode)$type)

然后得到邻接矩阵：

CC_matrix_IC_based <- get.adjacency(CC_graph_IC_based); CC_matrix_IC_based

在iGraph中，节点编号从零开始，因此矩阵命名也从零开始。但是，我现在需要在最终的CC_matrix_IC_based矩阵中的edgelist的第二列中指定的“new_companyID”。

你能帮助我如何使用原始边缘列表中的信息在最终的邻接矩阵中输入rownames和colnames吗？

我用Google搜索并搜索了堆栈流，但无法找到合适的答案。非常感谢您的帮助

Answer 1

顶点名称通常存储在igraph中名为name的顶点属性中。因此，如果您的图表存储在变量g中，那么您可以使用V(g)$name来检索所有顶点的名称。

Answer 2

我知道，回答一个人自己的问题是相当冒昧的。

我想我已经解决了。关键问题是我在生成图表时没有保存名称。感谢Tamas。没有她的回答我就不会意识到这一点。之后我需要确保不要丢失数据。在下面的整体解决方案中：

  # Subsetting / triangulating data for selected games
      GC_edge_sub <- subset (GC_edge, mb_titleID %in% loggames_yearly_sample$mb_titleID)
      GC_edge_sub <- subset(GC_edge_sub, select=c("new_titleID", "new_companyID"))
      head(GC_edge_sub)

  # Generating the vertex names
      vertex_new_companyID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_companyID))
      vertex_new_titleID <- data.frame(names = unique(GC_edge_sub$new_titleID))
      vertex <- rbind(vertex_new_companyID,vertex_new_titleID)

  # Creation of GC_twomode
    GC_twomode <- graph.data.frame(GC_edge_sub, vertices = vertex)
    GC_projected_graphs <- bipartite.projection(GC_twomode, types = is.bipartite(GC_twomode)$type)
    GC_matrix_GC_based <- get.adjacency(GC_twomode)
    dim(GC_matrix_GC_based)

  # Collapsing the matrix
      # Be aware that if you use the classical command # CC_graph_GC_based <- GC_projected_graphs$proj2 it collapses, but looses the colnames and rownames
      # I thus a) create a subset of the adjacency matrix and b) create the lookef for matrix by multiplication    
        rowtokeep <- match(vertex_new_companyID$names,colnames(GC_matrix_GC_based))
        coltokeep <- match(vertex_new_titleID$names,rownames(GC_matrix_GC_based))
        GC_matrix_GC_based_redux <- GC_matrix_GC_based[rowtokeep,coltokeep]
    # We now have a CG matrix.Let's build from this a GG matrix.
        CC <- GC_matrix_GC_based_redux %*% t(GC_matrix_GC_based_redux)

iGraph图中的顶点名称在哪里

2 个答案: