R：顶点属性与圆弧图中的顶点名称不匹配

Question

我希望创建一个联网的弧形图。我的问题是弧是正确的，节点的顺序也是如此。但是，节点（度）和填充和边框颜色（vfill，vborder）的大小与顶点不匹配＆＃39;属性。

我的.gml文件可以在https://dl.dropboxusercontent.com/u/42761499/myarc.gml

下载

代码：

library(igraph)
library(arcdiagram)
dat.g2 = read.graph("myarc.gml", format = "gml")
vlabels<-get.vertex.attribute(dat.g2, "name")
vfill<-get.vertex.attribute(dat.g2, "vfill")
vborder<-get.vertex.attribute(dat.g2, "vborder")
vgroups<-get.vertex.attribute(dat.g2, "group")
degrees<-get.vertex.attribute(dat.g2,"degree")
edgelist<-get.edgelist(dat.g2)
values<-as.numeric(get.edge.attribute(dat.g2, "value"))
par(mai=c(2.25,.25,.25,.25))
arc.p<-arcplot(edgelist, cex.labels = 0.8,
           ordering = vlabels,
           show.nodes = TRUE, 
           col.nodes = vborder, 
           bg.nodes = vfill, 
           cex.nodes = sqrt(degrees)/20,
           pch.nodes = 21, 
           lwd.nodes = 2, 
           line = 0.3,
           col.arcs = hsv(0, 0, 0.1, 0.4), 
           lwd.arcs = sqrt(values)/2,
           horizontal=TRUE,
           axes=FALSE)

在图中，颜色和节点大小有时是错误的。 ＆＃34;其他投诉＆＃34;应该是紫色和CHPAIN黄色。至少CHPAIN和CARDOTH的大小是错误的（CHPAIN大于CARDOTH，请参阅myarc.gml）。我认为问题是因为在边缘列表中，每个节点的名称首先出现的顺序与顶点顺序略有不同。 通过边缘列表顺序，我指的是一个节点名称的第一个独特外观，当一个查看整个行然后向下看列。即边缘列表的前5行显示：

• 从
• 1胸痛，MI，CA，VF AF
• 2胸痛，MI，CA，VF晕厥
• 3胸痛，MI，CA，VF SOB
• 4 Chest Pain，MI，CA，VF CHPAIN
• 5胸痛，MI，CA，VF CARDOTH

所以边缘列表顺序是＆＃34;胸痛，心肌梗死，心肺复苏术，心肺血管疾病＆＃34; ，＆＃34; AF＆＃34;，＆＃34;晕厥＆＃34;，＆＃34; SOB＆＃34;，＆＃34; CHPAIN＆＃34;，＆＃34; CARDOTH＆＃34; ... 顶点顺序是＆＃34;胸痛，MI，CA，VF＆＃34; ，＆＃34; AF＆＃34;，＆＃34;晕厥＆＃34;，＆＃34; SOB＆＃34;，＆＃34;其他投诉＆＃34;，＆＃34; CHPAIN＆＃34; ... < / p>

如何获取顶点属性（vfill，vborder，degrees）以匹配图表上的顶点名称？

Answer 1

您只需要明确设置vertices=参数。这就是函数如何知道保留每个*.nodes属性的值。您可以使用它来代替您现在设置的ordering=参数，因为您根本没有重新排序节点。

arc.p<-arcplot(edgelist, vlabels, cex.labels = 0.8,
    show.nodes = TRUE, 
    col.nodes = vborder, 
    bg.nodes = vfill, 
    cex.nodes = sqrt(degrees)/20,
    pch.nodes = 21, 
    lwd.nodes = 2, 
    line = 0.3,
    col.arcs = hsv(0, 0, 0.1, 0.4), 
    lwd.arcs = sqrt(values)/2,
    horizontal=TRUE,
    axes=FALSE)