Question

我正在尝试在ubuntu（11.04，natty narwhal）上构建R（尝试2.14.2和2.15）和rpy2（2.2.6，python 2.7.1），将其部署到自定义目录（在下面调用/ home / me / lib / R），因为我没有root访问权限，但需要比服务器上提供的版本更新的版本。

进一步向下构建等的细节，但即使在运行rpy2的测试时，我总是会收到以下错误：

/home/me/lib/pythonlib/lib/python/rpy2/rinterface/__init__.py in <module>()
---> 87 from rpy2.rinterface._rinterface import *
ImportError: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory
WARNING: Failure executing file: <experiments/arrangement/test_smacof_arrange.py>

我确信我正在调用正确的rpy2模块（我自定义构建的模块），该模块是针对自定义构建的R版本构建的。要做到这一点，我正在做以下事情：

我首先在ubuntu上构建R-base

wget http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/natty/r-base_2.14.2.orig.tar.gz
# untar and go to directory

# enable-R-shblib flag is needed for rpy2 linking, enable-BLAS-shlib was included
# because I hoped to solve the problem, which doesnt change anything however
./configure --enable-R-shlib --enable-BLAS-shlib --prefix=/home/me/lib/R
make
make install

然后我针对此R版本构建rpy2

wget http://pypi.python.org/packages/source/r/rpy2/rpy2-2.2.6.tar.gz
# untar and go to directory

# build rpy2, by providing the r-home-lib and r-home flags, and deploy to custom dir
python setup.py build --r-home /home/me/lib/R --r-home-lib /home/me/lib/R/lib64/R/lib install --home /home/me/lib/pythonlib

我也调整了我的pythonpath来查找/ home / me / lib / pythonlib中的模块，所以问题不在那里。 python构建返回正确的配置（注意Rblas出现在这里！）

Configuration for R as a library:
include_dirs: ('/home/me/lib/R/lib64/R/include',)
libraries: ('R', 'Rblas', 'Rlapack')
library_dirs: ('/home/me/lib/R/lib64/R/lib',)
extra_link_args: ()

我试图追踪错误，但没有尽头。 / home / me / lib / R / lib64 / R / lib包含libRblas.so，但是有一件事看起来很奇怪，那就是libRblas.so没有从libR.so正确链接，但我不确定是否有问题这会导致错误，我也不知道如何修复它。

>> ldd -d libR.so

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffcec58000)
libRblas.so => not found
libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007fe63d21d000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fe63cf97000)
...

非常感谢任何帮助！

Answer 1

对于遇到此问题的其他人，我能够通过确保将R库添加到bashrc中的库路径来解决它：

export LD_LIBRARY_PATH="R-install-location/lib65/R/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

Answer 2

简言之：

为什么在Ubuntu上构建R？只需按照http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu的自述文件从CRAN仓库中获取现有和当前的二进制文件 - 这些是通过CRAN提供的当前Debian软件包的端口，以克服正常的Ubuntu发布延迟。
每当我在Ubuntu上需要一个更新的（小）软件包时，我只需抓住Debian软件包源并在Ubuntu上重建它们。关于如何建立一个包，网上应该有足够的HOWTO;最小的是a）关闭三元组.orig.tar.gz，.diff.gz和.dsc并使用dpkg-sourcepackage -x *.dsc展开然后b）切换到目录并运行sudo debian/rules binary（如果你拥有所有Build-Depends：已安装的软件包）。您甚至可以使用apt-get为您执行这些步骤，但它会超出此问题的范围......

在ubuntu上构建R（cran）+ rpy2 - ＆gt; libRblas.so未找到

2 个答案: