科学图像处理（在ImageJ中） - 删除背景的建议

Question

我有一堆细菌分裂的电影，我应该追踪它们并检测分裂等等。

现在，我是这个领域的新手，所以我正在寻找关于如何继续的初步建议。

我附上了几个screenshots。

对于第一部分，我必须摆脱背景。我怎么做？ ImageJ工具似乎很有希望（更好地说压倒性的），我更喜欢使用它，因为我将用Java开发，所以我很感激ImageJ大师的一些建议。

这些是我到目前为止找到的一些选项，但我不能让它们适用于所有情况：

• 滚球变换（过程 - >减去背景）
• 二值化？ （图像 - >调整阈值）
• 或者可以像 这可以在ImageJ中完成：
  http://www.mathworks.com/products/image/demos.html?file=/products/demos/shipping/images/ipexrice.html

请告知如何在各种情况下最好地摆脱bg。

谢谢，

伊戈尔

Answer 1

您需要分割和跟踪细菌。有很多方法可以做到这一点。这是人们目前正在发表的研究问题。

有时效果很好的一种方法是“分水岭”算法。简而言之，人们将图像想象为具有表示高度的像素值的3D表面。然后，您逐渐将水倒在水面上，等待它从一个集水区溢出到另一个集水区。在那里你有两个地区。这是一个展示它的链接：watershed algorithm in matlab

您也可以考虑水平集方法，因为它们往往会通过较少的调整来做得更好。最着名的是Chan和Vese的主动轮廓法。

这是我在你的图像上运行Chan-Vese而没有任何额外工作所得到的：

两种分割算法都要求您执行一些特殊操作才能使其在图像上正常工作。

当你有细菌移动的整个视频时，你可以做得更好。对于背景减法，您可能需要查看“Robust PCA”

www-stat.stanford.edu/~candes/papers/RobustPCA.pdf

www.cds.caltech.edu/~ipapusha/pdf/robust_pca_apps.pdf

http://users.cms.caltech.edu/~mccoy/code/

这个应用得到了很多关注。