如何在R中绘制高斯图形模型

Question

我有相关系数矩阵R和偏相关系数矩阵Rp，那我怎样才能在R中绘制高斯图形模型？

如果推荐一些关于高斯图形模型的书籍介绍会更好，实际上，我不知道它是什么，但我需要做的第一件事就是把它画出来。非常感谢！

#the Correlation coefficient matrix
R=c(1,0.55,0.55,0.41,0.39,0.55,1,0.61,0.49,0.44,0.55,0.61,1,0.71,
0.66,0.41,0.49,0.71,1,0.61,0.39,0.44,0.66,0.61,1)
dim(R)=c(5,5)

#the Partial correlation coefficient matrix
library("corpcor") 
Rp=cor2pcor(R)

那我怎么画高斯图形模型呢？

Answer 1

如果要绘制相应的图表，可以使用igraph包。

library(igraph)
g <- graph.adjacency( abs(Rp)>.1, mode="undirected", diag=FALSE )
plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold)

Answer 2

我不熟悉术语“高斯图形模型”，虽然我觉得我应该（我会读它，谢谢）。

但是为了可视化（部分）相关矩阵，您可以使用qgraph包来实现这一目的。例如：

library("qgraph")
qgraph(round(Rp,5),edge.labels=TRUE)

使用graph参数内置计算部分关联：

qgraph(round(R,5),edge.labels=TRUE,graph="concentration")

给出相同的结果。