Question

我在使用R时非常新。我想在DESeq2包中使用de DESeq函数。我试图将我的数据集从文本文件转换为DESeq矩阵。

举个例子：

datafile = "C:\\Users\\589016\\Desktop\\Test.csv"
countTable = read.delim(datafile, sep = ";", header = F)    
countTable
     V1  V2  V3   V4
b1  1,2   4  40   30
b2  3,2 3,4  50  3,1
b3    4 4,3  20 30,2
b4    5   3 3,2  3,4
b5  3,2 4,5   4  4,1
b6    0   5 2,1    3
b7  4,5   0 3,4  2,1
b8    3   0 0,1  2,1
b9    2 3,2 0,1    0
b10 0,4   0 0,1    1

ExpDesign = data.frame(row.names = colnames(countTable), condition = c("control", "control", "case", "case"))
ExpDesign
   condition
V1   control
V2   control
V3      case
V4      case
cds = DESeqDataSetFromMatrix(countData = countTable, colData=ExpDesign$condition, design=~ExpDesign$condition)

然后我收到以下消息：

Error in `rownames<-`(`*tmp*`, value = c("V1", "V2", "V3", "V4")) : 
  attempt to set 'rownames' on an object with no dimensions

我该怎么办？

转换为Deseq2矩阵

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