将用户arg传递给DESeq2函数

Question

我尝试使用命令行输入的参数在RScript中运行DESeq。我使用optparse来解析用户参数，并尝试将设计参数传递给DESeqDataSetFromMatrix()函数。

我直接测试了这个功能，它完美无缺：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=~taxonomy)

但是，如果我尝试传递变量opt$design（这是一个字符串=＆＃34;〜分类法＆＃34;），我会收到以下错误：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=opt$design)

  

错误：$ operator对原子向量无效执行暂停

我已尝试noquote()，cat / paste的各种组合，并将整个命令创建为字符串以传递给DESeqDataSetFromMatrix()函数，但没有工作。任何建议都将不胜感激。

解决方案

感谢Ben Bolker在下面的回答，以下工作：

DESeq_tbl <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=counts_tbl,
colData=coldata, design=as.formula(opt$design))

Answer 1

我认为你需要as.formula(opt$design)。

x <- "~taxonomy"
f <- ~taxonomy
str(f)
## Class 'formula'  language ~taxonomy
## ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
identical(f,as.formula(x)) ## TRUE