R中的Recenter heatmap.2

Question

我使用以下代码使用热图2来生成热图。关键字=＆＃34; F＆＃34;摆脱顶部的颜色键。但是，绘图不会重新缩放，在先前由颜色键占据的位置留下空白区域。如何通过去除顶部的空白区来重新定位绘图？

dImp_heatmap <- heatmap.2(dSet_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(20), dendrogram="none",trace="none", key="F",margins=c(1,8),colsep=c(1:6),rowsep=(1:62),sepwidth=c(0.05,0.05), sepcolor="white", cellnote=round(dSet_matrix,digits=2),notecol="black",notecex=0.7,scale="column")

Answer 1

如果您仔细阅读?heatplot.2的文档，您将在以下参数列表的底部看到：

  

lmat，lhei，lwid视觉布局：位置矩阵，列高，   列宽。有关详细信息，请参见下文

详情如下：

  

可以通过指定适当的值来覆盖此布局   lmat，lwid和lhei。 lmat控制每个人的相对位置   元素，而lwid控制列宽，lhei控制   行高。有关如何使用的详细信息，请参阅帮助页面以获取布局   这些论点。

例如：

data(mtcars)
 x  <- as.matrix(mtcars)
 rc <- rainbow(nrow(x), start=0, end=.3)
 cc <- rainbow(ncol(x), start=0, end=.3)

 ##
 ## demonstrate the effect of row and column dendrogram options
 ##
 gplots:::heatmap.2(x,key = FALSE,dendrogram = "row",lhei = c(0.05,0.95))

我认为设置lwid的行为类似。虽然我应该补充一点，如果你同时包含两个树形图，那么左上角的空间对于为树形图腾出空间是必要的。