Question

我有一个土地覆盖的光栅文件，我已经减少了只包含树盖细胞。我已经在栅格包中使用了clump来将clump（）聚集在森林的连续区域中。这使得所有细胞彼此接触相同的ID，因为它们是同一补丁的一部分然后我想找出每个丛的PatchStat（），我将clump栅格转换为as.matrix。我试图让PatchStat（）对栅格执行此操作，但只有在矩阵中才能生效。

我现在想要制作带有补丁统计输出的栅格，即“perim.area.ratio”。因此，对应于clump 1的每个单元格将获得与clump 1对应的perim.area.ratio值。为此，我从我的clump栅格中创建了一个data.frame（），其中包含：lon, lat, layer(clumpID), cellID。 /> 我尝试使用图层和 patchID 将我的clump栅格data.frame与PatchStat输出合并。但是，会发生错误：

fix.by（by.x，x）出错：'by'必须指定有效列。

任何想法我怎么能以另一种方式做到这一点，或为什么这些列无效？代码如下。

clump <- raster(file.choose())
library(SDMTools)
clumpval <- rasterToPoints(clump)
clumpcell <- cellFromXY(clump, clumpval[, c('x', 'y')] )
clumpdf <- data.frame(clumpval, clumpcell)
ps.data <- PatchStat(as.matrix(clump))
merged.data.all <- merge(clumpdf, ps.data1, by=c("layer", "patchID"))

Answer 1

你编码它的方式，merge函数期望两个数据帧同时具有'layer'字段和 a'patchID'列，而实际上你打算将clumpdf的layer列映射到ps.data的patchID列。您需要使用by.x和by.y参数。

正确的电话会是：

merged.data.all <- merge(clumpdf, ps.data, by.x='layer', by.y="patchID")

然而，还有另一种简单的方法可以将细胞分配给它们的丛perim.area.ratio：

library(raster)
library(SDMTools)

# create a random raster
r <- raster(ncols=200, nrows=200)
r[] <- rbinom(ncell(r), 1, 0.5)

# clump it
rc <- clump(r)

# get patch stats
p <- PatchStat(rc)

# Replace each non-NA value of rc with the corresponding clump perim.area.ratio.
not.na <- Which(!is.na(rc), cells=TRUE)
rc[not.na] <- sapply(rc[not.na], function(x) {
  p[p$patchID==x, 'perim.area.ratio']
})

要为你分解（如果你不是特别熟悉apply函数），最后一位首先识别具有非NA值的所有单元格的单元格索引，并将此向量分配给对象not.na。 sapply函数然后将not.na的每个值依次分配给x，并执行大括号之间的内容（在这种情况下，它只返回在perim.area.ratio中找到的值p patchID行x等于sapply的行。 perim.area.ratio函数返回这些rc值的向量，然后将其分配给perim.area.ratios的非NA单元格。从本质上讲，它是一个发现＆amp;替换操作，其中补丁号由相应的{{1}}替换。

我应该提一下，如果你有一个非常大的网格，这可能不起作用。

使用R中的SDMTools创建具有PatchStat值的栅格

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