Question

关于ggplot2中阴影区域的使用，有一个few posts，但我认为没有完全回答我的问题。我有两个斜坡用于跨越多个条件的线，我想遮蔽它们之间的区域。以下是示例数据：

dat <- data.frame(cond1=c("a","a","b","b"),
              cond2=c("c","d","c","d"),
              x=c(1,5),
              y=c(1,5),
              sl=c(1,1.2,0.9,1.1),
              int=c(0,0.1,0.1,0),
              slopeU=c(1.1,1.3,1.2,1.2),
              slopeL=c(.9,1,0.7,1))

此处，sl是来自单独拟合程序的平均斜率参数，slopeU和slopeL表示每种情况下斜率估计值的上下置信区域。拦截被限制为相同。以下代码使用一些分面绘制每个条件的最佳拟合线：

p <- ggplot(dat,aes(x=x,y=y,colour=cond1))
p <- p + facet_grid(. ~ cond2)
p <- p + geom_blank()
p <- p + geom_abline(aes(intercept=int,slope=sl,colour=cond1),data=dat)
p

我想将intercept=int, slope=slopeU和intercept=int, slope=slopeL定义的线添加到绘图中并对它们之间的区域进行着色（例如，在相应的cond1颜色中为alpha=.5）。

我认识到通过一点操作，我可以创建一个数据框，指定这些线的值至少两个x值，然后绘制相应的geom_ribbon或geom_polygon来创建阴影区域，但是我想找到一个更优雅的解。或者是从斜坡手动指定一些坐标并截取唯一的方法？我如何才能最好地创建所需的数据框（需要有比原始框架更多的行来考虑条件和x，y对的所有组合）。

Answer 1

就我个人而言，我认为创建数据框并使用geom_ribbon 是优雅的解决方案，但很明显，意见在这个分数上会有所不同。

但是如果你充分利用 plyr 和 ggplot ，事情会变得非常光滑。由于您的斜率和截距都可以很好地存储在数据框中，我们可以使用 plyr 和自定义函数来完成所有工作：

dat <- data.frame(cond1=c("a","a","b","b"),
          cond2=c("c","d","c","d"),
          x=c(1,5),
          y=c(1,5),
          sl=c(1,1.2,0.9,1.1),
          int=c(0,0.1,0.1,0),
          slopeU=c(1.1,1.3,1.2,1.2),
          slopeL=c(.9,1,0.7,1))

genRibbon <- function(param,xrng){
    #xrng is a vector of min/max x vals in original data
    r <- abs(diff(xrng))
    #adj for plot region expansion
    x <- seq(xrng[1] - 0.05*r,xrng[2] + 0.05*r,length.out = 3)
    #create data frame
    res <- data.frame(cond1 = param$cond1,
                      cond2 = param$cond2,
                      x = x,
                      y = param$int + param$sl * x,
                      ymin = param$int + param$slopeL * x,
                      ymax = param$int + param$slopeU * x)
    #Toss the min/max x vals just to be safe; needed them 
    # only to get the corresponding y vals
    res$x[which.min(res$x)] <- -Inf
    res$x[which.max(res$x)] <- Inf
    #Return the correspondinng geom_ribbon
    geom_ribbon(data = res,aes(x = x,y=y, ymin = ymin,ymax = ymax,
                               fill = cond1,colour = NULL),
                alpha = 0.5)
}

ribs <- dlply(dat,.(cond1,cond2),genRibbon,xrng = c(1,5))

这里额外光滑的事情是我完全丢弃生成的数据帧，只返回geom_ribbon个对象的列表。然后他们可以简单地添加到我们的情节中：

p + ribs + 
    guides(fill = guide_legend(override.aes = list(alpha = 0.1)))

我超越了传奇中的alpha美学，因为你第一次看不到传奇中的对角线。

enter image description here

我会警告你，那里生成情节的最后一行也会引发很多关于无效因子水平的警告，而且老实说我不确定为什么。但情节看起来还不错。

r - ggplot2 - 在两个geom_abline图层之间创建阴影区域

1 个答案: