在Linux中运行R脚本时等待用户输入

时间:2012-03-10 18:15:14

标签: linux r user-input

我有一段代码提示用户输入,并且在Windows中运行代码时工作得很好。但是,在Linux中,它执行每一行而不等待用户输入。

我已将代码添加到单独的函数中并使用系统(“stty -echo”)但未成功。 为什么会发生这种情况,可以做些什么? (执行命令:Rscript test.R)

require(Biostrings)
read_value <- function(prompt_text = "", prompt_suffix = getOption("prompt"),
                       coerce_to= "character")
{
  prompt <- paste(prompt_text, prompt_suffix)
  system("stty -echo")
  as(readline(prompt), coerce_to)
 }

prints<-function()
{ opt<-as.character(readline(prompt = "Enter parameter values: "))
  system("stty -echo")
  i<-1
  while ((i<=5))
    { if (i==1)
       { expr.filename <- as.character(readline(prompt = "Expression file name: "))
         tryCatch( {expr.file<-read.table(expr.filename)},error=function(e)
             {print("ERROR : Enter valid filename!") return })
       }
      if (i==2)
      {  system("stty -echo")
       fasta.filename <- as.character(readline(prompt = "Fasta file name: "))
       tryCatch( {sequence_data<-read.DNAStringSet(fasta.filename)},error=function(e) 
                {print("ERROR : Enter valid filename!")  return })
      }
     #missing piece of code
    i<-i+1
}

1 个答案:

答案 0 :(得分:6)

您可能需要考虑使用“stdin”中的readLines。提示功能用于记录数据集。

 cat("Please enter a file name ...")
 fil <- readLines(con="stdin", 1)
 cat(fil, "\n")

另存为filnam.r ....使用:

user-linux-prompt$  Rscript filnam.r