在Linux中运行R脚本

时间:2017-10-29 22:16:33

标签: r linux

很抱歉,如果在其他地方有这个问题。我确实看了,但似乎我的问题比任何相关的帖子简单得多,而且我的知识非常简陋。无论如何,这里...... ..

我在一个非常小的测试表上运行了以下R脚本

table<-read.table(file="HumanCoreExome_PhLiPS_ipsc_impute2_recoded.vcf.012.
table_t<-t(table)
write.table(table_t, file="transposed_table.txt")

从Linux中使用

bsub -M 32000 Rscript test_script.r

它工作正常,按照希望编写一个新的(转置)表。然后我在我的实际桌子上尝试了它,添加了几行额外的行来给我一些信息,包括:

table<-read.table(file = "large_table.txt", row.names = 1, header = TRUE)
dim(table)
class(table)
table_t<-t(table)
dim(table_t)
class(table_t)
write.table(table_t,file = "test_1_t.txt")

来自Linux with

bsub -M 32000 Rscript real_script.r

但什么都没发生。谁能告诉我为什么以及如何补救?我意识到这是非常基本的,但我有点像菜鸟。知道这是否与资源有关(我的工作似乎正在运行,虽然我不认为应该花这么长时间)或者只是我的错误代码会非常有帮助。

由于

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