Question

我正在尝试编译库AGMG。

并行示例的make文件如下所示：

# MPIopt    = -I/... (where to find mpif.h)
# MUMPSPopt = -I/... (where to find files to be included by 
#                     applications using MUMPS)
# MUMPSlib  = -l...  (link reference for MUMPS)
# SCALAP    = -l...  (link reference for SCALAPACK, needed by MUMPS)
# BLASLAPACK= -l...  (link reference for LAPACK & BLAS)
# MPIlib    = -l...  (link reference for MPI)

在我的Debian mpif.h上找到：

$ ls /usr/lib/openmpi/include/mpi.h 
/usr/lib/openmpi/include/mpi.h

所以我在Makefile中写道：

MPIopt  =   -I/usr/lib/openmpi/include/
MPIlib    = -lmpi

但是，当我尝试编译时，我得到以下错误：

:~/AGMG_3.0/Example_par$ make
cd ../SRC;make dpar
make[1]: Entering directory `AGMG_3.0/SRC'
make[1]: Nothing to be done for `dpar'.
make[1]: Leaving directory `AGMG_3.0/SRC'
gfortran-4.4 -O4 -o Example_par Example_par.o ../SRC/dagmg_par.o   -lmpi 
Example_par.o: In function `MAIN__':
Example_par.f90:(.text+0x77): undefined reference to `mpi_init_'
....
....
....
dagmg_par.f90:(.text+0x19fc9): undefined reference to `mpi_comm_rank_'
dagmg_par.f90:(.text+0x19fdd): undefined reference to `mpi_comm_size_'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [Example_par] Error 1

我现在很困惑，我尝试过成功，但是我遇到了scaplap问题和其他要求。 scalap被发现：

$ dpkg -L libscalapack-mpi-dev 
/.
/usr
/usr/lib
/usr/lib/libscalapack-openmpi.a

在/usr/lib/libsmumps.a中找到mumps，头文件在/usr/include/smumps_c.h中

那我怎么把所有这些放在一起呢？

我知道对于更高级的fortran或C开发人员而言，这将是微不足道的......

提前感谢您的帮助。

编辑：我在这里放置完整的Makefile定义，希望它可以帮助其他人：

MPIopt = -I/usr/lib/openmpi/include -I/usr/lib/openmpi/lib -L/usr/lib/openmpi/lib -pthread 
MPIlib = -lmpi_f90 -lmpi_f77 -lmpi 
MUMPSPopt = -I/usr/lib/libsmumps.a -I/usr/lib/libdmumps.a
MUMPSlib = -lsmumps  -ldmumps
BLASLAPACK=-L/usr/lib -llapack -lblas 
BLASLAPACK=-L/usr/lib -llapack -lblas 
SCALAP = -L/usr/lib/libscalapack-openmpi.a -lscalapack-openmpi

F90=gfortran-4.6

这构建了它。谢谢你的回复！

Answer 1

我认为你错过了Fortran MPI库的东西。您应该使用安装的mpi编译器包装器，通常称为 mpif90 。如果要手动指定所有库，可以使用

浏览包装器设置的选项

mpif90 --showme

（对于openmpi）或类似的标志，具体取决于您的MPI库。

Answer 2

这些是链接器错误。看起来您的包含文件已成功获取，但链接器未看到MPI库。尝试将MPIlib = -lmpi更改为包含libmpi.a路径的内容，例如MPIlib = -L/usr/lib/openmpi/lib -lmpi

或者，尝试使用@haraldkl建议的MPI编译器包装器。这些应该自动链接到MPI。

编译使用mpi的库（AGMG）

2 个答案: