Question

我想加载并调用使用MPI的库。我想象每个等级加载自己的库版本，然后库将相互通信。我不想从图书馆来电者那里进行任何沟通或MPI处理。无论我是否加载使用mpi的库或使用openmp的库，python代码都将保持不变。当我从C动态加载和调用库时，我设法使它工作。但是使用python它失败了：

mca：base：component_find：无法打开 / usr / lib / openmpi / lib / openmpi / mca_paffinity_hwloc：也许是一个失踪者符号，或编译为不同版本的Open MPI？（忽略）

[..]

看起来opal_init由于某种原因失败了;

[..]

opal_shmem_base_select失败 - ＆gt;退货价值 -1而不是OPAL_SUCCESS ompi_mpi_init：orte_init失败 - ＆gt;退回＆＃34;错误＆＃34; （-1）而不是＆＃34;成功＆＃34; （0）

[..]

我想知道我要为python做些什么。像用openmpi重新编译python的东西？

我举一个例子：

testMPI.py

#!/usr/bin/env python
from ctypes import *
# Loading library
raw = cdll.LoadLibrary('./libtest.so.1.0')
print "hello world "
raw.test()

test.f90

subroutine test() bind(c,name='test')
    use MPI
    implicit none
    integer :: nprocs =-1 !< total number of process 
    integer :: rank=0    !< rank in comm world
    integer :: ierr =-1  !< 
    call MPI_init(ierr)
    call MPI_comm_size(MPI_comm_world, nprocs, ierr)
    call MPI_comm_rank(MPI_comm_world, rank, ierr)
    write(*,*)"hello world from ",rank," of ",nprocs
    call MPI_finalize(ierr)
end subroutine

生成文件

FC=mpif90.openmpi
FFLAGS=-free -fPIC -g -Wall 
all: obj test
test:
    mpirun.openmpi -n 4 ./testMPI.py
obj:
    $(FC) $(FFLAGS) -c test.f90
    $(FC) $(FFLAGS) -shared -Wl,-soname,libtest.so.1 -o libtest.so.1.0 test.o
clean:
    rm *.o libtest*

Answer 1

我有类似的问题，有一个解决方法：当您运行configure以编译openmpi时，请使用以下标志：

./ configure --disable-dlopen

希望它适合你！

Python调用使用MPI的（fortran）库

1 个答案: