Question

是否可以通过ncbi api将pmc-id（pubmed central id）转换为pmids（pubmed id）？你可以通过网络表单来做，但我想使用一个程序 - 当然我总是可以写一个屏幕刮板...谢谢

Answer 1

您可以使用NCBI Entrez编程实用程序（E-utilities）将发布的中心ID转换为带有 EFetch 的pubmed ID。可以从任何可以从HTTP读取数据并解析XML的编程语言中使用EFetch。

例如，如果列表中的某篇文章是：

Wang TT，等。 J Biol Chem。 2010年1月22日; 285（4）：2227-31 PubMed PMID：19948723 PubMed Central PMCID： PMC2807280

您可以从以下EFetch网址获取XML文档：

“http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pmc&id=2807280& rettype = MEDLINE＆安培; retmode = xml“的

XML文档包含PubMed ID：

<pmc-articleset>
   <article>
     <front>
        <article-meta>
            <article-id pub-id-type="pmc">2807280</article-id>
            <article-id pub-id-type="pmid">19948723</article-id>

在perl中将pmcid转换为pmid的一种方法是：

#!/usr/bin/perl
# pmcid2pmid.pl -- convert a pubmed central id to a pubmed id with EFetch 
# http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/efetchlit_help.html

use strict;
use warnings;
use LWP::UserAgent;    # send request to eutils.ncbi.nlm.nih.gov
use XML::Smart;        # parse response

# check parameter
my ($id) = @ARGV;
if ( not(defined($id))  ) { 
    print STDERR "must provide a pmcid as 1st parameter...\n";  
    exit(-1);
}    

$id =~ s/PMC//;
sleep(3);  #  recommended delay between queries

# build & send efetch query
my $efetch= "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?";
my $efetch_query = "db=pmc&id=$id&rettype=medline&retmode=xml";
my $url = $efetch.$efetch_query;

my $xml  = XML::Smart->new($url);
##print $xml->dump_tree(),"\n";

# parse the response
$xml = $xml->{'pmc-articleset'}->{'article'}->{'front'}{'article-meta'};
my $pmid   = $xml->{'article-id'}('pub-id-type','eq','pmid')->content; 

print STDOUT "PMID = $pmid";

＆gt; perl pmcid2pmid.pl PMC2807280
PMID = 19948723

变换pmc-id - ＆gt; PMID

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