Graphviz - 绘制最大派系

Question

我想使用graphviz来为给定的图形绘制它拥有的所有最大派系。 因此，我希望同一个最大集团中的节点将在视觉上封装在一起（这意味着我希望一个大圆圈围绕它们）。我知道集群选项存在 - 但在我到目前为止看到的所有示例中 - 每个节点仅在一个集群中。在最大集团情境中，节点可以处于多个集团中。 有没有用graphviz可视化的选项？ 如果没有，是否有任何其他工具用于此任务（最好使用python api）。 谢谢。

Answer 1

喝茶，它会很长：）

我用networkx绘制，但主要步骤可以轻松转移到graphviz。

计划如下：
a）查找最大派系（以防万一，最大派系不是最大派系）;
b）绘制图形并记住绘图程序使用的顶点坐标;
c）取clique的坐标，计算围绕它的圆周的中心和半径;
d）以相同的颜色绘制圆圈并为集团的椎体上色（对于2个以上maxcliques交叉处的椎体，这是不可能的。）

关于 c）：我懒得想出这个紧凑的圈子，但是有一些时间可以轻松完成。 相反，我计算了“近似圆”：我把半群中最长边的长度作为半径乘以1.3。实际上，使用这种方法可能会遗漏一些节点，因为只有sqrt（3）商保证每个人都在。但是，使用sqrt（3）会使圆圈太大（再次，它不紧张）。作为中心，我占据了最大边缘的中间位置。

import networkx as nx
from math import *
import matplotlib.pylab as plt
import itertools as it

def draw_circle_around_clique(clique,coords):
    dist=0
    temp_dist=0
    center=[0 for i in range(2)]
    color=colors.next()
    for a in clique:
        for b in clique:
            temp_dist=(coords[a][0]-coords[b][0])**2+(coords[a][1]-coords[b][2])**2
            if temp_dist>dist:
                dist=temp_dist
                for i in range(2):
                    center[i]=(coords[a][i]+coords[b][i])/2
    rad=dist**0.5/2
    cir = plt.Circle((center[0],center[1]),   radius=rad*1.3,fill=False,color=color,hatch=hatches.next())
    plt.gca().add_patch(cir)
    plt.axis('scaled')
    # return color of the circle, to use it as the color for vertices of the cliques
    return color

global colors, hatches
colors=it.cycle('bgrcmyk')# blue, green, red, ...
hatches=it.cycle('/\|-+*')

# create a random graph
G=nx.gnp_random_graph(n=7,p=0.6)
# remember the coordinates of the vertices
coords=nx.spring_layout(G)

# remove "len(clique)>2" if you're interested in maxcliques with 2 edges
cliques=[clique for clique in nx.find_cliques(G) if len(clique)>2]

#draw the graph
nx.draw(G,pos=coords)
for clique in cliques:
    print "Clique to appear: ",clique
nx.draw_networkx_nodes(G,pos=coords,nodelist=clique,node_color=draw_circle_around_clique(clique,coords))

plt.show()

让我们看看我们得到了什么：

>> Clique to appear:  [0, 5, 1, 2, 3, 6]
>> Clique to appear:  [0, 5, 4]

图：

3个maxcliques的另一个例子：

>> Clique to appear:  [1, 4, 5]
>> Clique to appear:  [2, 5, 4]
>> Clique to appear:  [2, 5, 6]

Answer 2

我认为你不能这样做。集群通过子图完成，子图预计是单独的图，不与其他子图重叠。

您可以更改可视化;如果你想象一个集团的成员是某个集合S的成员，那么你可以简单地添加一个节点S并添加将每个成员链接到S节点的定向或虚线边缘。如果S节点被赋予不同的形状，那么应该清楚哪些节点在哪个团中。

如果你真的想要，你可以将连接成员的边缘赋予他们的clique节点高权重，这应该使它们在图表上靠得很近。

请注意，clique节点之间永远不会有边缘;这表明两个集团是最大连接的，这只是暗示它们实际上是一个大集团，而不是两个独立集团。

Answer 3

实现起来有点挑战，但这里是一个如何绘制重叠集的示例。

• Riche，N.H。; Dwyer，T .;，“Untangling Euler Diagrams”，IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics，vol.16，no.6，pp.1090-1099，Nov.-Dec。 2010 DOI:10.1109/TVCG.2010.210。 PDF