Question

从Mathematica，我希望将图像传递给ImageJ插件，并将结果从ImageJ发送到Mathematica。

JLink是一个有用的工具，但我既不熟悉它也不熟悉ImageJ（很难在SO上利用现有的相关问题）。你知道怎么做吗？

（我已经在我的Mac上安装了ImageJ。）

Answer 1

这应该只是作为预告片向您展示，这并不像看起来那么难。没有办法，你必须熟悉Java，ImageJ-API，是的，JLink。

以下是您的入门指南：您需要可以从the ImageJ Website下载的ImageJ java存档ij.jar。这个jar包含ImageJ自己使用的所有类和函数。

您要做的是创建一个图像，而不是通过ImageJ-GUI打开它，而是使用Java方法。为此，您必须熟悉ImageJ-API以了解如何从例如图像创建图像。一系列数字，因为这就是我们想要将Mathematica图像传输到Java的方式。浏览此文档会让我进入ImageProcessor classes。如您所见，它们提供了两种方法：setPixels和getPixels，并且都接受简单数组。让我们使用它并编写一个非常基本的过滤器：

import ij.process.FloatProcessor;

public class SimpleTest {

    public static float[] func(float []bm, int nx, int ny) {
        FloatProcessor p = new FloatProcessor(nx,ny);
        p.setPixels(bm);
        float[] kernel = new float[{0.111f,0.111f,0.111f,0.111f,
                                    0.111f,0.111f,0.111f,0.111f,0.111f};
        p.convolve(kernel, 3, 3);
        return (float[]) p.getPixels();
    }
}

此函数获取图像数据和图像尺寸，进行卷积并返回过滤后的图像数据。要编译它，请记住ij.process.FloatProcessor位于ij.jar内。您必须在类路径中包含此存档。之后，您必须确保JLink同时找到ij.jar和SimpleTest.class。我通常也把我的课打包在一个罐子里。为此，我称之为simple.jar。

虽然java-side现在已准备好摇滚，但我们需要几行来从Mathematica-image中提取图像数据和尺寸

img = ColorConvert[ExampleData[{"TestImage", "Lena"}], "Grayscale"];
{nx, ny} = ImageDimensions[img];
data = ImageData[img] // Flatten;

我们现在所做的是将平面整数数组data发送到我们的Java函数，获取结果并构建输出图像。要让Mathematica找到您的jar档案，一种方法是调用AppendToClassPath：

Needs["JLink`"]
AddToClassPath["/pathTo/ij.jar","pathTo/simple.jar"];

simpleTest = LoadJavaClass["SimpleTest", StaticsVisible -> True];
output = SimpleTest`func[data, nx, ny];
Image[Partition[output, nx]]

通过最后一步，我们完成循环并获得最终结果。

最终说明：

您应该（也就是说“这样做”）使用JLink用于编译代码的相同java版本。
ij.jar中已有插件。这不包括所有可用的东西。但请记住：ImageJ-GUI只调用ij.jar中的方法来使用辅助插件，因此您可以对代码执行相同的操作。
当您在Mathematica中使用此代码时，某些插件使用本机（JNI）代码可能会导致意外错误

从Mathematica调用ImageJ

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