热图与巨大的数据

Question

我正在尝试对数据进行聚类，然后使用来自gplots的heatmap.2绘制热图，该脚本可以完美地处理多达30000行的矩阵，问题是我使用的矩阵是500000行（data_sel），当我尝试群集时，我收到此错误：

heatmap.2(as.matrix(data_sel),col=greenred(10), trace="none",cexRow=0.3, cexCol=0.3,  ColSideColors=fenot.colour, margins=c(20,1), labCol="", labRow="",distfun=function(x) dist(x,method="manhattan"))
Error in vector("double", length) : vector size specified is too large

是否有任何近似使用R来绘制热图以及他的大数据？

提前致谢

Answer 1

这是一个非常老的问题，但这是一个使用python的解决方案，它将按比例扩展到该大小的数据：

import seaborn as sns
import pandas as pd
from matplotlib import pyplot as plt

df = pd.read_table('file.txt', header=0)
df = df.set_index('ID')
del df.index.name
df

sns.set(font_scale=0.1)

cm = sns.clustermap(df, metric="euclidean", standard_scale=1, method="ward", cmap="viridis", robust='TRUE', yticklabels=1)
cm.cax.set_visible(False)
cm.savefig('heatmap.pdf')

可能要花几个小时才能运行，但它在〜1000 *〜36000的矩阵上对我有用。