基于遗传序列绘制载体

Question

我有一个序列调用它ACGTCCT...。无论如何在没有使用楼梯的情况下策划这个？有谁知道如何在页面底部制作彩色2D / 3D箭头：How to plot a gene graph for a DNA sequence say ATGCCGCTGCGC?

在matlab中

？关于ACGTCCT可视化的其他建议也是受欢迎的。

干杯

Answer 1

FileExchange的arrow.m提交是您所需要的。很难想象它不是内置的，但至少这个贡献很好地填补了这个空白。以下是使用它的示例，例如您链接到的Q / A：

function randomWalk(seq)

n = length(seq);

ptStart = zeros(n, 3);
ptEnd   = zeros(n, 3);

cols = jet(n);

for i=1:n
    switch seq(i)
        case 'A'
            d = [1 0];
        case 'T'
            d = [-1 0];
        case 'G'
            d = [0 1];
        case 'C'
            d = [0 -1];
    end

    ptEnd(i,:) = ptStart(i,:) + [d 1];
    ptStart(i+1,:) = ptEnd(i,:);
end

rng = [min([ptStart; ptEnd], [], 1); max([ptStart; ptEnd], [], 1)];
axis(rng(:))
for i=1:n
    arrow(ptStart(i,:), ptEnd(i,:), 'BaseAngle', 90,...
                                    'TipAngle',  15,...
                                    'Length',    30,...
                                    'CrossDir', [1 1 0],...
                                    'EdgeColor', cols(i,:),...
                                    'FaceColor', cols(i,:));
end

axis equal
view([45 15])

>> randomWalk('ATGCGTCGTAACGT')