交互式热图/矩阵可视化

Question

我想在网页上显示我在R中生成的热图（矩阵）。 我看起来像这样的矩阵，但在我的情况下，大小是300x300。

基本上我正在寻找一个交互式集群，它看起来像这样：

http://online.wsj.com/article/SB125993225142676615.html#articleTabs%3Dinteractive

http://mbostock.github.com/protovis/ex/matrix.html

我希望能够在分支上进行clic，然后突出显示所选的组/文本，并淡出矩阵的其余部分。

我环顾四周，找不到多少。我甚至不知道我应该用什么语言？ JSON，Flash，HTML5，javascript，谷歌排行榜？

这里有任何意见和建议。

感谢。

Answer 1

我认为InCHlib - 交互式群集热图库可能是解决方案。

可从http://openscreen.cz/software/inchlib。

获取

Answer 2

Google Visualization提供此热图选项： http://informatics.systemsbiology.net/visualizations/heatmap/bioheatmap.html

这个项目也适用于更高级的用途，实际上包括鼠标悬停和工具提示，以及线放大： http://code.google.com/p/visquick/

您可能还想看一下jQuery Flot，但要注意WSJ使用一个名为Tableau的超级昂贵的公司进行数据可视化，您不太可能在开源中找到这种级别的可视化视频或免费使用封装

Answer 3

不幸的是，我有同样的要求。为层次聚类结果创建Clustergram（热图+树形图）。

没有直接解决方案。我使用ProtovisGWT（Choosel）来创建树状图和热图seperatley，然后将它们组合起来。

如果你只是想要js库，你可以使用protovis或d3.js来实现这一点。

Answer 4

我建议使用JavaScript执行此任务。将热图保存为R

中的SVG

svg("mymap.svg")
heatmap(...)
dev.off()

然后将其作为对象

嵌入到HTML文档中

    <object id="test-svg" width="800" height="600" 
type="image/svg+xml" data="test.svg"></object>

现在，您可以使用JavaScript或ECMAScript进行各种操作。我建议您阅读有关此主题的各种在线教程之一。例如，你可以开始使用这个：http://www.petercollingridge.co.uk/data-visualisation/using-javascript-control-svg

Answer 5

D3.js的树形图很好地解决了这个问题。见这里

http://mbostock.github.io/d3/talk/20111018/treemap.html

Answer 6

您可以尝试http://amp.pharm.mssm.edu/clustergrammer/。它不是用R编写的，但您可以通过以制表符分隔格式上传矩阵文件来制作交互式集群图，并且您将返回交互式（可重新排序，可搜索，可过滤等）和可共享的基于Web的可视化

Answer 7

D3heatmap根据 foreach (MyClass possibleDate in comboBox1.Items) { int stringLength = comboBox1.GetItemText(possibleDate).Length; if (stringLength > longestName.Length) longestName = comboBox1.GetItemText(possibleDate); } 和ComboBox接口在R中提供带有树形图的交互式热图。它包括单行和列选择，但does not currently allow选择树形图分支。