如何解决Circos SVG错误放置文本？

Question

我有以下Circos图表，我将其呈现为SVG文件，然后转换为PNG，以用于说明目的：

环绕外缘的文字标签从12点钟到9点钟正确定向，朝外，远离灰色弧线。

在9到12之间，文本标签朝向内部，与灰色弧重叠。这不是预期的。

这是一个特写镜头，以澄清问题：

如果我从Circos输出PNG而不是SVG，标签被正确绘制，但是我失去了在Adobe Illustrator或Inkscape中标记矢量格式SVG图形的能力。所以我需要SVG输出。

以下是与添加标签相关的circos.conf文件的摘录：

<image>
dir = /tmp
file = circos.png
png = yes
radius = 3000p
background = white
angle_offset = -176
</image>

...

<plots>
<plot>
type                           = text
color                          = black
file                           = factorList.txt
r0                             = 1r
r1                             = 1r+200p
label_size                     = 12p
label_font                     = condensedbold
padding                        = 0p
rpadding                       = 0p
label_snuggle                  = yes
max_snuggle_distance           = 1r
snuggle_sampling               = 2
snuggle_tolerance              = 0.25r
snuggle_link_overlap_test      = yes 
snuggle_link_overlap_tolerance = 2p
snuggle_refine                 = yes
</plot>
</plots>

我不确定我可以申请哪些其他选项来尝试解决此问题。我的问题是：我应该在这个或另一个配置文件中尝试修复SVG输出？谢谢你的建议。

Answer 1

也许您可以尝试这个选项：

label_rotate = no

我认为上面的布局是由snuggle选项引起的，并且还检查你的conf文件，并确保绘图（type = text）的所有“r0”和“r1”都大于1r。

Here is the circos lessonss example