Question

我正在尝试使用ggplot2生成热图。我找到this example，我基本上试图用我的数据复制，但我遇到了困难。我的数据是一个简单的.csv文件，如下所示：

people,apple,orange,peach
mike,1,0,6
sue,0,0,1
bill,3,3,1
ted,1,1,0

我想制作一个简单的热图，其中水果的名称在x轴上，而人在y轴上。该图应描绘正方形，其中每个正方形的颜色表示所消耗的水果数量。对应于mike:peach的方格应该是最暗的。

以下是我用来尝试生成热图的代码：

data <- read.csv("/Users/bunsen/Desktop/fruit.txt", head=TRUE, sep=",")
fruit <- c(apple,orange,peach)
people <- data[,1]
(p <- ggplot(data, aes(fruit, people)) + geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") +    scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue"))

当我绘制这些数据时，我得到x轴上的果实数和y轴上的人数。我也没有得到代表水果数量的颜色渐变。如何在x轴上获取水果的名称，并将人们吃掉的水果数量显示为热图？我在R中获得的当前输出看起来像这样：

enter image description here

Answer 1

老实说@ dr.bunsen - 上面的例子很难重现，你没有阅读教程的第一部分linked。这可能是你在寻找的东西：

 library(reshape)
 library(ggplot2)
 library(scales)

 data <- structure(list(people = structure(c(2L, 3L, 1L, 4L), 
                                           .Label = c("bill", "mike", "sue", "ted"), 
                                           class = "factor"), 
                        apple = c(1L, 0L, 3L, 1L), 
                        orange = c(0L, 0L, 3L, 1L), 
                        peach = c(6L, 1L, 1L, 0L)), 
                    .Names = c("people", "apple", "orange", "peach"),
                    class = "data.frame", 
                    row.names = c(NA, -4L))
 data.m <- melt(data)
 data.m <- ddply(data.m, .(variable), transform, rescale = rescale(value))
 p <- ggplot(data.m, aes(variable, people)) + 
         geom_tile(aes(fill = rescale), colour = "white") 
 p + scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")

enter image description here

Answer 2

七（！）年后，正确格式化数据的最佳方法是使用tidyr而不是reshape

使用gather中的tidyr，很容易重新格式化数据以获取预期的3列（y轴为person，x轴为fruit -axis和count作为值）：

library("dplyr")
library("tidyr")

hm <- readr::read_csv("people,apple,orange,peach
mike,1,0,6
sue,0,0,1
bill,3,3,1
ted,1,1,0")

hm <- hm %>%
  gather(fruit, count, apple:peach)
  #syntax: key column (to create), value column (to create), columns to gather (will become (key, value) pairs)

数据现在看起来像：

# A tibble: 12 x 3
   people fruit  count
   <chr>  <chr>  <dbl>
 1 mike   apple      1
 2 sue    apple      0
 3 bill   apple      3
 4 ted    apple      1
 5 mike   orange     0
 6 sue    orange     0
 7 bill   orange     3
 8 ted    orange     1
 9 mike   peach      6
10 sue    peach      1
11 bill   peach      1
12 ted    peach      0

完美！让我们绘图。使用ggplot2进行热图绘制的基本要素是geom_tile，我们将向其提供美观的x，y和fill。

library("ggplot2")
ggplot(hm, aes(x=x, y=y, fill=value)) + geom_tile()

还不错，但是我们可以做得更好。

对于热图，我喜欢黑白主题theme_bw()，它摆脱了灰色背景。
我还喜欢使用RColorBrewer中的调色板（与direction = 1一起使用以获得更高值的深色，否则为-1）。有很多可用的调色板：红色，蓝色，光谱，RdYlBu（红色-黄色-蓝色），RdBu（红色-蓝色）等。在下面，我使用“绿色”。运行RColorBrewer::display.brewer.all()以查看调色板的外观。
如果要平铺方块，只需使用coord_equal()。
我经常发现图例没有用，但这取决于您的特定用例。您可以使用fill隐藏guides(fill=F)图例。
您可以使用geom_text（或geom_label）将值打印在图块的顶部。它需要美学x，y和label，但在我们的情况下，x和y是继承的。您还可以通过传递size=count作为美感来更大地打印更高的值-在这种情况下，您还希望将size=F传递给guides以隐藏尺寸图例。
< / li>
您可以通过将color传递到geom_tile来在图块周围绘制线条。

将它们放在一起：

ggplot(hm, aes(x=fruit, y=people, fill=count)) +
  # tile with black contour
  geom_tile(color="black") + 
  # B&W theme, no grey background
  theme_bw() + 
  # square tiles
  coord_equal() + 
  # Green color theme for `fill`
  scale_fill_distiller(palette="Greens", direction=1) + 
  # printing values in black
  geom_text(aes(label=count), color="black") +
  # removing legend for `fill` since we're already printing values
  guides(fill=F) +
  # since there is no legend, adding a title
  labs(title = "Count of fruits per person")

要删除任何内容，只需删除相应的行。

如何使用ggplot2生成热图？

2 个答案: