Question

对我来说，这是一个非常常见的用例。我有一个C函数，它返回一个指向双精度的指针：

 //myheader.h
 double *mycfuntion(...)

我知道返回的数据的维度。我也知道数据是 Fortran -ordered。我想编写一个Cython“shim”来将数据作为Numpy数组导入Python：

#myshim.pyx
import numpy
cimport numpy as cnumpy

cnumpy.import_array()

cdef extern from "myheader.h" :
     double *mycfunction(...)

def mypyfunc(...) :
     cdef double *data = mycfunction(...)
          **MAGIC**
     return outarray

MAGIC的想法

（A） cdef cnumpy.ndarray[ cnumpy.double_t, mode='fortran', ...] outarray
这将是最便捷的做事方式。但是，关于如何将指针data转换为可以传递给cnumpy.ndarray构造函数的缓冲区，我在这里缺少一些关键的东西。我试过了：

cdef cnumpy.ndarray[ cnumpy.double_t, mode='fortran', ...] outarray
cdef bytes databuffer = <char *>data
outarray = numpy.ndarray(buffer=databuffer, dtype=numpy.double, ...)

此方法始终以TypeError: buffer is too small for requested array

失败

（B） Numpy C-API我已经使用了很多来自Cython的cnumpy.PyArray_SimpleNewFromData(...)。它工作得很好。问题是它不支持 flags 参数，所以我无法告诉它构造一个Fortran数组。我在纯C实现中使用的替代方法是PyArray_NewFromDescr(...)。它接受标志。这种方法冗长且痛苦，意味着通过尚未导入的extern块从numpy获取一些符号。必须有更好的方法。

我一直在谷歌上搜索这个问题，但没有出现任何明显的问题。也许我是个白痴。或者只是睡觉。干杯！

Answer 1

这有点hackish，但您可以颠倒维度的顺序然后返回转置。这应该使你的步伐正确，但不能复制数据。

cimport numpy as cnp
cnp.import_array()

cdef double a1[10]
for i in range(10):
    a1[i] = i

# C order
a2 = cnp.PyArray_SimpleNewFromData(2, [2, 5], cnp.NPY_FLOAT64, a1)
# fortran order
a3 = cnp.PyArray_SimpleNewFromData(2, [5, 2], cnp.NPY_FLOAT64, a1).T
# a2 and a3 point to the same data
a2[0,0] = 10.
print a2
print a3

有指向数据的指针。在Fortran命令中需要Numpy数组。想要使用Cython

MAGIC的想法

1 个答案: