Question

多个不匹配的语法是什么，即。 Perl中的点运算符（。）？我需要将DNA序列与靶序列匹配，允许3个不匹配。那将是什么语法？

例如，让DNA序列ATGC和靶序列为ATGAGCA。匹配后，我的结果应如下所示：

position no :          pattern
  1                    A...
  1                    .T..
  1                    ..G.
  3                    ..G.
  3                    ...C
  4                    A...

Answer 1

对于您在模式中显示的内容，您希望.{3}为“最多3个”匹配，您需要.{,3}，其中{ n {{ 1}} m ,是一个“量词”，至少指定 n 匹配，但不超过 m 。如果省略数字，则默认为0或无限制。

要将}与ATGC相匹配，我认为您可能需要ATGAGCA，因为这是常规的，您可以这样表达：

/(?:A[^T]{,3}T[^G]{,3}G[^C]{,3}C)+/

Answer 2

检查此代码

use warnings;
use strict;

my $DNA_seq = "ATGC";
my $target_sequence = "ATGAGCA";

my  @tseq = split(//,$target_sequence);
print "position pattern\n";

#4 is the length of the DNA sequence
for(my $i=0; $i<=@tseq-4;$i++) {
  my $str = join('',@tseq[$i..$i+3]);
  foreach my $pattern qw(A... .T.. ..G. ...C) {
    if($str =~ /$pattern/) {
      my $position = $i+1;
      print "$position $pattern\n";
    }
  }
}

输出

position pattern
1 A...
1 .T..
1 ..G.
3 ..G.
3 ...C
4 A...

多个不匹配[dot（。）]搜索模式

2 个答案: