允许多个不匹配的模式搜索

Question

我正在尝试找到具有特定条件的模式搜索：我们必须找到起始位置。 也允许不止一个不匹配，即。它应该运行1或2或3不匹配。 即，对于1个不匹配，图案的一个字符在匹配时可以匹配或不匹配 顺序。对于2个不匹配相同，模式的两个字符在匹配时可能匹配也可能不匹配 顺序。等等。

output: should be written into a file in a table format:
e.g,  pattern may be TGCA and sequence may be ATCGATGCATATCGATC....]

finding TGCA  in sequence ATCGATGATATCGATC  will result in
S.no  position       the_matched_pattern
1      5                 TGCA

匹配和不匹配可以在任何位置（即，在相同位置或不同位置）。我该如何实现呢？

Answer 1

通常，这是最常见的子序列问题。做一些关于“Smith-Waterman”算法的研究 - 你应该实现它。

http://en.wikipedia.org/wiki/Smith-Waterman_algorithm

http://en.wikipedia.org/wiki/Longest_common_subsequence_problem