Question

我正在编写一个使用MPI的c ++程序。我的代码的简化版本是

#include <iostream>
#include <fstream>
#include <cstdlib>
#include <mpi.h>
#define RNumber 3000000 //Number of loops to go

using namespace std;

class LObject {
        /*Something here*/
    public:
        void FillArray(long * RawT){
            /*Does something*/
            for (int i = 0; i < RNumber; i++){
                RawT[i] = i;
            }
        }
};

int main() {
    int     my_rank;
    int     comm_sz;
    MPI_Init(NULL, NULL);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &comm_sz);

    LObject System;

    long rawT[RNumber];
    long * Times = NULL;
    if (my_rank == 0) Times = (long*) malloc(comm_sz*RNumber*sizeof(long));

    System.FillArray(rawT);

    if (my_rank == 0) {
        MPI_Gather(rawT, RNumber, MPI_LONG, Times, RNumber,
                MPI_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD);
    }
    else {
        MPI_Gather(rawT, RNumber, MPI_LONG, Times, RNumber,
                MPI_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD);
    }

    MPI_Finalize();
    return 0;
};

程序编译正常，但在执行时出现Segmentation fault错误。消息是

=================================================================================
=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES
=   EXIT CODE: 11
=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES
=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES
=================================================================================
APPLICATION TERMINATED WITH THE EXIT STRING: Segmentation fault (signal 11)

当我减少RNumber时，程序运行正常。也许有人可以解释究竟出了什么问题？我是否试图为阵列分配太多空间？如果是这种情况，是否可以通过将结果存储在文件而不是数组中来解决此问题？

如果有可能，请你就我做错的事情发表广泛的评论。

谢谢你的时间和精力！

Answer 1

有几个可能的问题：

long rawT[RNumber];

这是一个放在堆栈上的大型数组。堆栈大小通常有限制（特别是在多线程程序中），典型大小为1或2兆字节。你最好在这里使用std::vector<long>。

Times = (long*) malloc(comm_sz*RNumber*sizeof(long));

您应该检查内存分配是否成功。或者更好的是，在这里也使用std::vector<long>（这也将修复你的内存泄漏）。

if (my_rank == 0) {
    // do stuff
} else {
    // do exactly the same stuff
}

我猜测else块应该做些不同的事情;特别是，不涉及Times的东西，因为除非my_rank == 0，否则它为空。

更新：使用向量而不是原始数组，只需用你想要的大小初始化它，然后使用指向你将使用（指向）数组的第一个元素的指针：

std::vector<long> rawT(RNumber);
System.FillArray(&rawT[0]);

std::vector<long> Times(comm_sz*RNumber);
MPI_Gather(&rawT[0], RNumber, MPI_LONG, &Times[0], RNumber,
           MPI_LONG, 0, MPI_COMM_WORLD);

请注意，如果调整向量大小，指针将无效（尽管如果您只是将其用作数组的替代品，则不需要这样做）。

Answer 2

您可能想查看从

返回的内容

MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &my_rank);
MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &comm_sz);

e.g。 comm_sz==0会导致此问题。

Answer 3

您没有检查malloc的返回值。考虑到你试图分配超过三百万的长期，malloc会失败是非常合理的。

这可能不是导致您出现问题的原因。

MPI程序的分段错误

3 个答案: