标记ggdendro叶子有多种颜色

Question

我有一种情况，我正在绘制带有类标签的数据点的树形图。 我希望看到凝聚聚类将具有相同标签的聚类分组在一起。对标签进行颜色编码可以轻松读取这样的树状图。有没有办法在R中用ggdendro实现这个目的？

Answer 1

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中窃取大部分设置

library(ggplot2)
library(ggdendro)
data(mtcars)
x <- as.matrix(scale(mtcars))
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
ddata_x <- dendro_data(dd.row)

p2 <- ggplot(segment(ddata_x)) +
  geom_segment(aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend))

...并添加分组因子......

labs <- label(ddata_x)
labs$group <- c(rep("Clust1", 5), rep("Clust2", 2), rep("Clust3", 4))
labs
#     x y text  group
# 1   1 0 carb Clust1
# 2   2 0   wt Clust1
# 3   3 0   hp Clust1
# 4   4 0  cyl Clust1
# 5   5 0 disp Clust1
# 6   6 0 qsec Clust2
# 7   7 0   vs Clust2
# 8   8 0  mpg Clust3
# 9   9 0 drat Clust3
# 10 10 0   am Clust3
# 11 11 0 gear Clust3

...您可以使用aes(colour=) geom_text()参数为您的标签着色：

p2 + geom_text(data=label(ddata_x),
               aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group))

（如果你想提供自己的颜色，你可以使用scale_colour_manual()，做这样的事情：

p2 + geom_text(data=label(ddata_x),
               aes(label=label, x=x, y=0, colour=labs$group)) +
     scale_colour_manual(values=c("blue", "orange", "darkgreen"))