ggplot2和ggdendro - 在节点叶子下绘制颜色条

Question

目前，我正在使用ggplot2和ggdendro来绘制树状图。然而，现在我需要在叶子下面绘制离散变量以及标签。

例如，在一份出版物中（Zhang et al。，2006），我看到了这样的树状图（注意叶子标签下面的颜色条）：

我有兴趣用ggdendro + ggplot2做同样的事情，使用我已经分箱的数据。这可能吗？

Answer 1

首先，您需要为颜色条创建数据框。例如，我使用数据USArrests - 使用hclust()函数进行聚类并保存对象。然后使用此聚类对象使用函数cutree()将其划分为集群并保存为列集群。列states包含群集对象hc的标签，此对象的级别与hc的输出中的级别相同。

library(ggdendro)
library(ggplot2)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
df2<-data.frame(cluster=cutree(hc,6),states=factor(hc$labels,levels=hc$labels[hc$order]))
head(df2)
           cluster     states
Alabama          1    Alabama
Alaska           1     Alaska
Arizona          1    Arizona
Arkansas         2   Arkansas
California       1 California
Colorado         2   Colorado

现在将两个图保存为对象 - 使用geom_tile()作为x值和states颜色编号的cluster生成的树形图和颜色条。完成格式化以删除所有轴。

p1<-ggdendrogram(hc, rotate=FALSE)


p2<-ggplot(df2,aes(states,y=1,fill=factor(cluster)))+geom_tile()+
  scale_y_continuous(expand=c(0,0))+
  theme(axis.title=element_blank(),
        axis.ticks=element_blank(),
        axis.text=element_blank(),
        legend.position="none")

现在您可以使用@Baptiste的答案this question来对齐两个图。

library(gridExtra)

gp1<-ggplotGrob(p1)
gp2<-ggplotGrob(p2)  

maxWidth = grid::unit.pmax(gp1$widths[2:5], gp2$widths[2:5])
gp1$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)
gp2$widths[2:5] <- as.list(maxWidth)

grid.arrange(gp1, gp2, ncol=1,heights=c(4/5,1/5))