Question

我想在R中使用nlme包来拟合混合模型，这相当于以下SAS代码：

proc mixed data = one;
class var1 var2  year loc rep;
model yld = var1 * var2;
random loc year(loc) rep*year(loc);

编辑：解释什么是实验

在重复中测试var1和var2的相同组合（重复重复编号为1：3）。重复（rep）被认为是随机的。在位置（loc）和年（年）重复这组实验。虽然复制品在每个位置和年份内按1：3编号，因为它们没有任何名称，但在一个位置和一年内的复制1在其他位置和其他年份内没有相关复制1

我尝试了以下代码：

 require(nlme) 
    fm1 <- lme(yld ~ var1*var2, data = one, random = loc + year / loc + rep * year / loc)

我的代码是否正确？

编辑：基于建议的数据和模型您可以从以下链接下载示例数据文件： https://sites.google.com/site/johndatastuff/mydata1.csv

data$var1 <- as.factor(data$var1)
data$var2 <- as.factor(data$var2)
data$year <- as.factor(data$year)
data$loc <- as.factor(data$loc)
data$rep <- as.factor(data$rep)

following suggestions from the comments below:
fm1 <- lme(yld ~ var1*var2, data = data, random = ~ loc + year / loc + rep * year / loc)

Error in getGroups.data.frame(dataMix, groups) : 
  Invalid formula for groups

基于SAS输出的预期

Type 3 tests of fixed effects 
var1*var2         14         238       F value 16.12 Pr >F = < 0.0001

Covariance parameters:
loc = 0, year(loc) = 922161, year*rep(loc) = 2077492, residual = 1109238

我尝试了以下模型，我仍然遇到一些错误：

Edits: Just for information I tried the following model
require(lme4)  
 fm1 <- lmer(yld ~ var1*var2 + (1|loc) +  (1|year / loc) + (1|rep : (year / loc)),  
            data = data)  
Error in rep:`:` : NA/NaN argument 
In addition: Warning message: 
In rep:`:` : numerical expression has 270 elements: only the first used

Answer 1

感谢您提供更详细的信息。我将数据存储在d中，以避免与data函数和参数混淆;这些命令无论哪种方式都有效，但这种避免data通常被视为良好做法。

请注意，由于var和var2之间缺乏平衡，互动很难适应;这里是交叉表的参考：

> xtabs(~var1 + var2, data=d)
    var2
var1  1  2  3  4  5
   1 18 18 18 18 18
   2  0 18 18 18 18
   3  0  0 18 18 18
   4  0  0  0 18 18
   5  0  0  0  0 18

通常只是为了适应互动（并且没有主要效果），您使用的是:而不是*，但这里最适合制作单个因素，如下所示：

d$var12 <- factor(paste(d$var1, d$var2, sep=""))

然后使用nlme，尝试

fm1 <- lme(yld ~ var12, random = ~ 1 | loc/year/rep, data = d)
anova(fm1)

并使用lme4，尝试

fm1 <- lmer(yld ~ var12 + (1 | loc/year/rep), data=d)
anova(fm1)

另请注意，由于nlme和lme4在函数名称中有重叠，因此您只需要在R会话中加载一个;切换你需要关闭R并重新启动。（存在其他方式，但这是最简单的解释。）

将混合模型公式从SAS转换为R.

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