连接Numpy数组而不复制

时间:2011-10-23 20:50:01

标签: python multidimensional-array numpy

在Numpy中,我可以使用np.appendnp.concatenate端到端地连接两个数组:

>>> X = np.array([[1,2,3]])
>>> Y = np.array([[-1,-2,-3],[4,5,6]])
>>> Z = np.append(X, Y, axis=0)
>>> Z
array([[ 1,  2,  3],
       [-1, -2, -3],
       [ 4,  5,  6]])

但是这些会复制他们的输入数组:

>>> Z[0,:] = 0
>>> Z
array([[ 0,  0,  0],
       [-1, -2, -3],
       [ 4,  5,  6]])
>>> X
array([[1, 2, 3]])

有没有办法将两个数组连接成视图,即无需复制?这需要一个np.ndarray子类吗?

6 个答案:

答案 0 :(得分:62)

属于Numpy数组的内存必须是连续的。如果你单独分配数组,它们会随机分散在内存中,并且无法将它们表示为视图Numpy数组。

如果您事先知道需要多少个数组,则可以先从一个预先分配的大数组开始,然后让每个小数组成为大数组的视图(例如通过切片获得)。

答案 1 :(得分:7)

在填充数据之前初始化数组。如果你想要,你可以分配比所需更多的空间,并且由于numpy的工作方式,它不会占用更多的RAM。

A = np.zeros(R,C)
A[row] = [data]

只有将数据放入数组后才会使用内存。通过连接两个来创建一个新数组永远不会在任何大小的数据集上完成,即数据集> 1GB左右。

答案 2 :(得分:1)

根本不是很优雅,但你可以使用元组来存储指向数组的指针。现在我不知道如何在这种情况下使用它,但我之前做过类似的事情。

>>> X = np.array([[1,2,3]])
>>> Y = np.array([[-1,-2,-3],[4,5,6]])
>>> z = (X, Y)
>>> z[0][:] = 0
>>> z
(array([[0, 0, 0]]), array([[-1, -2, -3],
       [ 4,  5,  6]]))
>>> X
array([[0, 0, 0]])

答案 3 :(得分:0)

您可以创建一个数组数组,例如:

>>> from numpy import *
>>> a = array([1.0, 2.0, 3.0])
>>> b = array([4.0, 5.0])
>>> c = array([a, b])
>>> c
array([[ 1.  2.  3.], [ 4.  5.]], dtype=object)
>>> a[0] = 100.0
>>> a
array([ 100.,    2.,    3.])
>>> c
array([[ 100.    2.    3.], [ 4.  5.]], dtype=object)
>>> c[0][1] = 200.0
>>> a
array([ 100.,  200.,    3.])
>>> c
array([[ 100.  200.    3.], [ 4.  5.]], dtype=object)
>>> c *= 1000
>>> c
array([[ 100000.  200000.    3000.], [ 4000.  5000.]], dtype=object)
>>> a
array([ 100.,  200.,    3.])
>>> # Oops! Copies were made...

问题在于它在广播操作上创建副本(听起来像一个bug)。

答案 4 :(得分:0)

答案基于我在Reference to ndarray rows in ndarray

中的其他答案
X = np.array([[1,2,3]])
Y = np.array([[-1,-2,-3],[4,5,6]])
Z = np.array([None, None, None])
Z[0] = X[0]
Z[1] = Y[0]
Z[2] = Y[1]

Z[0][0] = 5 # X would be changed as well

print(X)
Output: 
array([[5, 2, 3]])

# Let's make it a function!
def concat(X, Y, copy=True):
    """Return an array of references if copy=False""" 
    if copy is True:  # deep copy
        return np.append(X, Y, axis=0)
    len_x, len_y = len(X), len(Y)
    ret = np.array([None for _ in range(len_x + len_y)])
    for i in range(len_x):
        ret[i] = X[i]
    for j in range(len_y):
        ret[len_x + j] = Y[j] 
    return ret

答案 5 :(得分:0)

我遇到了同样的问题,并且在正常连接(使用副本)之后最终将其反转,我重新分配原始数组以成为连接的视图:

import numpy as np

def concat_no_copy(arrays):
    """ Concats the arrays and returns the concatenated array 
    in addition to the original arrays as views of the concatenated one.

    Parameters:
    -----------
    arrays: list
        the list of arrays to concatenate
    """
    con = np.concatenate(arrays)

    viewarrays = []
    for i, arr in enumerate(arrays):
        arrnew = con[sum(len(a) for a in arrays[:i]):
                     sum(len(a) for a in arrays[:i + 1])]
        viewarrays.append(arrnew)
        assert all(arr == arrnew)

    # return the view arrays, replace the old ones with these
    return con, viewarrays

您可以按如下方式测试:

def test_concat_no_copy():
    arr1 = np.array([0, 1, 2, 3, 4])
    arr2 = np.array([5, 6, 7, 8, 9])
    arr3 = np.array([10, 11, 12, 13, 14])

    arraylist = [arr1, arr2, arr3]

    con, newarraylist = concat_no_copy(arraylist)

    assert all(con == np.array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 
                                11, 12, 13, 14]))

    for old, new in zip(arraylist, newarraylist):
        assert all(old == new)