生物信息学的最佳操作系统？

Question

生物信息学工作的最佳操作系统选择是什么？大多数工具适用于64位Windows，一般适用于Linux / Unix还是OS X？

Answer 1

有点问题......生物信息学分析的范围很广，从使用现有软件到开发自己的软件。因此，根据您想要完成的任务，将产生不同的答案。但是，Linux可能是您最好的选择，因为大多数生物信息学软件需要从源代码编译，并且可能在Linux兼容平台上开发。我目前的设置是运行在VirtualBox的Linux的Windows操作系统。这样我获得了良好的硬件支持（Linux仍然缺乏），并且能够使用我研究所需的大量软件程序。

Answer 2

对于bioinfo，Linux很好，但很可能你需要一些软件来进行数据分析。例如，在我的情况下，我必须通过adobe illustrator改进通过脚本生成的矢量图形图像。在这种情况下，完整的Linux设置对我来说是不好的。

对于服务器和运行程序（主要是perl脚本，因为bioinfo社区喜欢perl）我非常支持Linux。任何其他Unix都已过时或即将推出。

因此，我的建议是服务器上的Linux，以及笔记本电脑上的另一台Unix，因此具有更好的兼容性。由于唯一适合桌面的Unix解决方案是MacOSX，这就是你问题的答案。

Answer 3

Bioinformatics是一个仍然严重依赖于文本文件处理的领域，而且这个Linux提供了许多核心工具。一些必备的是 cat ， sed ， cut ， paste ， grep ，当然还有预安装的perl和python解释器。此外，像R（用于统计计算）这样的软件在Linux中没有内存限制（在Windows中，出于安全原因，它的上限为可用RAM的百分比）。

Answer 4

我注意到最近向MacBooks转移了很多。最近在会议上，MacBooks已经超越了linux或windows笔记本电脑。 Mac笔记本电脑的优点是你可以使用fink或类似的东西在笔记本电脑上做所有的Linux东西，如果偶然的某些软件包不可用。而你实际上可以使用笔记本电脑做其他非核心工作。 Windows应用程序使用Parallels或VMFusion - 以及统一等功能，您无需运行完整的Windows VM。

在桌面方面，我可能仍会推荐linux。这是因为如果您开发任何类型的服务器基础结构，那么部署环境也总是linux。服务器上的Red Hat在学术环境中很受欢迎。然而，这并不像以前那么大，我也看到了很多基于mac的桌面。我还注意到只使用笔记本电脑进行开发的人数增加了。

几乎所有生物信息学软件都可用于Linux（因此通常适用于Mac）。我还没有找到一个不能用于linux的生物信息学程序 - 它几乎都是开源的。 Mac的主要优点是用于演示文稿和Illustrator等程序的卓越软件。 LaTeX在mac上也得到很好的支持，用于编写稿件，而Word本身就可以与非极客共享文档。

脚本语言如perl和python（生物信息学的通用语言）在mac上得到很好的支持 - 应该记住，有许多版本的linux。相同的脚本可能需要一些工作才能在不同版本的linux上运行。

Answer 5

由于该领域的许多参与者都是大学，而且许多大学使用Linux，这是我的猜测。我知道学校的生物信息学部门让我的硕士学位使用了Linux。

Answer 6

如果你使用像Ubuntu这样流行的Linux发行版，那么你最初会加载Perl和（我相信）Python。这些是用于生物信息学的流行语言，并有一些很好的库（Bioperl / biopython / CPAN /等）。

另外，我还没有使用它，但DNALinux是为了这类事情而制作的。

Answer 7

生物实验室的大多数学生和博士后都使用Mac和OS / X.它是主要的平台。通常，生物信息学类型更具针对性，但它们仍然必须与生物学家和生物工程师接口，而生物学家和生物工程师通常不太喜欢comp sci。计算在生物信息学会议上运行O / S的笔记本电脑的数量，最流行的是OS / X.许多生物信息学工具都是用Perl或Java编写的，Python越来越受欢迎。因为这些是面向POSIX的语言，为POSIX操作系统编写了大量第三方库，所以选择Windows将是一个不太好的选择。但是：大多数用于仪器控制的商业应用程序（如biorobotics）主要是为Windows编写的，因为这些供应商选择最受欢迎的企业平台（通常忽略了生物学家的抱怨）。

Answer 8

Unix系统在科学上很流行，所以我建议使用Linux，特别是如果你打算使用FORTRAN。您可以尝试Windows，但Windows API并不完全是程序员友好的，而C＃（对于大多数应用来说速度非常快）对于科学计算来说可能太慢了。 F＃对于科学来说真的很棒，但我不确定它是否足够快以进行复杂的计算。

我猜你也可以使用C ++，STL和一些独立于plaftorm的GUI工具包，比如Qt或wxWidgets。这样，您就不必担心平台了（那么多）。

Answer 9

虽然可能不是“最好的”操作系统，但那里有大量的Windows软件。从Pharma工作我见过SAS，SPlus，StatXact，NQuery等。

也就是说，Linux的发展势头越来越强。例如，R编程可用于多个OS。由于最终用户对系统的熟悉，我怀疑渗透速度较慢。

Answer 10

Mac OS X，您可以在虚拟机中安装Windows并且是Unix。然后Linux的所有优点（带“端口”一个包管理程序）。

仅为0.02美元。

Answer 11

在生物信息学和类似领域，您可以选择工具集，通常涉及多个主机/来宾/目标操作系统。您工作的操作系统主要取决于您的工作地点和方式。

我曾在许多不同的工作环境中工作，从纯Linux到“纯”Windows（hel-lo Cygwin）。我从来没有在Mac OS X上工作，但也知道那些专门做过的人。

如果您要开发广泛分发的FOSS应用程序，那么 Linux ，ANSI C，Perl / Python，Apache / MySQL（即LAMP堆栈）是可行的方法。此外，Windows还有类似的“WAMP”堆栈，使用Cygwin，有人可以编译和使用Linux开发的许多工具。据我所知，许多Linux应用程序也可以在Mac OS X上构建/运行。

对于数据分析/可视化，流行的商业甚至许多OSS工具都使用本机或Java版本在 Windows 中运行。因此，最好的设置可能是本机Windows XP计算机和[xhosted]访问Linux的真实/虚拟实例。

Answer 12

Windows是一个不错的选择，你可能需要很多非常标准的应用程序，AnnHyb，MeltSim，Base Pad和Winblast。

Answer 13

看看Linux！ 它不仅是一个操作系统，而且是一个由人们社区（从内核到各种程序）生成和维护的软件项目。

如果您长时间使用Linux（一两年），您将学习如何生活和为社区做出贡献，这对科学家来说非常有用。

从技术角度来看，Linux是Unix系统的免费克隆，这意味着它可以很好地支持在命令行（bash）上工作，以及许多管理平面文件的工具（ sed，awk，grep），它使您能够对文本文件执行操作，而无需直接打开它们。 此外，它还有很好的工具，可以让您管理系统中安装的程序，并通过单击下载和安装新程序。它可能缺少一些高级专有程序，但另一方面，你有很多免费工具和良好的文档。

我已经使用Linux 4年了，我根本不会错过其他操作系统。

Answer 14

我在大学开设了生物信息学课程，我们在Windows，Linux，Solaris和一些基于Web的工具上使用了各种工具。

我认为简短的回答是你需要访问以上任何一项。虽然你应该能够应对Windows或Linux。它只限制您使用该平台上可用的工具。

根据我的经验（粗略地说），生物信息学的工具通常用perl或java编写，我认为最近是Python，因此大多数都是平台独立的。

有些工具将用c编写，因此要使用它们，您需要拥有可用的平台，或者找到适用于您所选平台的构建。