为什么SciPy通过Fisher精确检验返回极小p值的负p值？

Question

我注意到，如果p值非常小，SciPy中的Fisher精确检验会返回负p值：

>>> import scipy as sp
>>> import scipy.stats
>>> x = [[48,60],[3088,17134]]
>>> sp.stats.fisher_exact(x)
(4.4388601036269426, -1.5673906617053035e-11)

在R中，使用相同的2x2列联表：

> a = matrix(c(48,60,3088,17134), nrow=2)
> fisher.test(a)
p-value = 6.409e-13

我的问题是1）为什么SciPy会返回负p值？ 2）如何使用SciPy生成正确的p值？

感谢您的帮助。

Answer 1

Fisher精确检验使用超几何分布。

您正在使用的scipy版本使用了不太精确的超几何分布的实现。这是known problem，已在scipy存储库中修复。