Question

我一直用Python做一些蒙特卡罗物理模拟，我无法确定非线性最小二乘拟合系数的标准误差。

最初，我使用SciPy的scipy.stats.linregress作为我的模型，因为我认为它是一个线性模型，但注意到它实际上是某种功能函数。然后我使用NumPy的polyfit，其自由度为2，但无论如何我无法确定系数的标准误差。

我知道gnuplot可以为我确定错误，但我需要适应超过30种不同的情况。我想知道是否有人知道Python无法从gnuplot读取标准错误或者是否有其他我可以使用的库？

Answer 1

终于找到了这个长问的答案！我希望这至少可以为这个话题节省几个小时的无望研究。 Scipy在其优化部分下有一个名为curve_fit的特殊函数。它使用最小二乘法确定系数，最重要的是，它为您提供协方差矩阵。协方差矩阵包含每个系数的方差。更准确地说，矩阵的对角线是方差，通过平方根值，可以确定每个系数的标准误差！ Scipy没有太多的文档，所以这里有一个示例代码，以便更好地理解：

import numpy as np
from scipy.optimize import curve_fit
import matplotlib.pyplot as plot


def func(x,a,b,c):
    return a*x**2 + b*x + c #Refer [1]

x = np.linspace(0,4,50)
y = func(x,2.6,2,3) + 4*np.random.normal(size=len(x)) #Refer [2] 


coeff, var_matrix = curve_fit(func,x,y)
variance = np.diagonal(var_matrix) #Refer [3]

SE = np.sqrt(variance) #Refer [4]

#======Making a dictionary to print results========
results = {'a':[coeff[0],SE[0]],'b':[coeff[1],SE[1]],'c':[coeff[2],SE[2]]}

print "Coeff\tValue\t\tError"
for v,c in results.iteritems():
    print v,"\t",c[0],"\t",c[1]
#========End Results Printing=================

y2 = func(x,coeff[0],coeff[1],coeff[2]) #Saves the y values for the fitted model

plot.plot(x,y)
plot.plot(x,y2)

plot.show()

此函数返回的内容至关重要，因为它定义了适合模型的内容
使用该功能创建一些任意数据+一些噪音
将协方差矩阵的对角线保存为1D矩阵，这只是一个普通数组
平方根方差以获得标准误差（SE）

Answer 2

看起来gnuplot使用levenberg - marquardt并且有一个python implementation available - 您可以从mpfit.covar属性中获取错误估计值（顺便说一下，您应该担心什么是误差估计“平均值” - 允许调整以补偿的其他参数，例如？）

非线性回归中的标准误差

2 个答案: