Question

我从来没有得出任何结论：这个问题，所以我想我会改写它再问一遍。

我想对我的数据集进行10,000次采样，以便为每个回复生成均值和95％CI。

以下是数据集结构的示例：

x <- read.table(tc <- textConnection("
study      expt    variable  value1  value2
  1         1         A       1.0      1.1 
  1         2         B       1.1      2.1 
  1         3         B       1.2      2.9
  1         4         C       1.5      2.3 
  2         1         A       1.7      0.3 
  2         2         A       1.9      0.3 
  3         1         A       0.2      0.5"), header = TRUE); close(tc)

我想仅对每个研究/变量组合进行一次子样本。因此，例如，子集化数据集将如下所示：

study      expt    variable  value1  value2
  1         1         A       1.0      1.1 
  1         2         B       1.1      2.1 
  1         4         C       1.5      2.3 
  2         1         A       1.7      0.3 
  3         1         A       0.2      0.5

注意第3行和第6行消失了，因为两者都测量了一个变量两次（第一种情况为B，第二种情况为A）。

我想一次又一次地绘制二次抽样数据集，因此我可以为每个变量推导出值为1和值为2的整体均值。所以在整个子采样例程之后我想要的输出是：

variable   mean_value1   lower_value1  upper_value1  mean_value2  etc....
   A            2.3           2.0          2.6           2.1
   B            2.5           2.0          3.0           2.5
   C            2.1           1.9          2.3           2.6

以下是我必须抓取子集的一些代码：

 subsample<-function(x, B){
samps<-ddply(x, .(study,variable), nrow)[,3] #for each study/variable combination, 
                                                  #how many experiments are there
expIdx<-which(!duplicated(x$study)) #what is the first row of each study
n<-length(samps) #how many studies are there

sapply(1:B, function(a) { #use sapply for the looping, as it's more efficient than for
    idx<-floor(runif(n, rep(0,n), samps)) #get the experiment number-1 for each study
    x$value[idx+expIdx] #now get a vector of values
})

感谢任何帮助。我知道这很复杂，如果你需要澄清，请告诉我！

Answer 1

按研究，实验和变量拆分数据，然后将引导程序应用于每个子集。有很多方法可以做到这一点，包括：

sdfr <- with(dfr, split(dfr, list(Study, Experiment, Variable)))
sdfr <- Filter(nrow, sdfr)   #to remove empty data frames

lapply(sdfr, function(x) 
{
  boot(x$Response1, statistic = mean, R = 10000, sim = "parametric")
})

Answer 2

这是一个解决方案，虽然公平警告，它的扩展性不会非常好，而且我不知道这种方案的统计有效性：

#Replicate your example data
set.seed(1)
dat <- expand.grid(Study = 1:4,Experiment = 1:3, Response = LETTERS[1:4])
dat$Value1 <- runif(48)
dat$Value2 <- runif(48)

#Function to apply to each Response level
#Note the rather inefficient use of ddply 
# in a for loop to do the 'stratified' 
# subsampling you describe
myFun <- function(x,B){
    rs <- matrix(NA,B,2)
    for (i in 1:B){
        temp <- ddply(x,.(Study), .fun = function(x) x[sample(1:nrow(x),1),])
        rs[i,] <- colMeans(temp[,4:5])
    }
    c(Value1 = mean(x$Value1), quantile(rs[,1],probs=c(0.025,0.975)),
            Value2 = mean(x$Value2), quantile(rs[,2],probs=c(0.025,0.975)))
}

ddply(dat,.(Response),.fun = myFun,B=50)

示例输出

  Response    Value1      2.5%     97.5%    Value2      2.5%     97.5%
1        A 0.4914725 0.2721876 0.8311799 0.4600546 0.2596446 0.6909686
2        B 0.5941457 0.4018281 0.8047503 0.5241470 0.2865285 0.7099486
3        C 0.4596998 0.2752685 0.6340614 0.5761497 0.3546133 0.8115933
4        D 0.5550651 0.2717772 0.7298913 0.4645609 0.1868757 0.7985816

随机地多次子集数据集并计算均值和方差

2 个答案: