Question

我正在尝试使用 terra::extract() 获取地块中的平均 NDVI 值。我注意到来自 terra::extract() 的数据框给了我 NA 值（实际上，我在 4519 个观察值中有 2494 个 NA 值）。我的 NDVI 栅格的空间分辨率为 ~0.5 英尺（0.15 米）。下面是我的代码。我也尝试过exactextractr::exact_extract() 但它没有给我与raster::extract() 相同的值。从我读过的内容来看，exactextractr::exact_extract() 说明了位于多边形内的单元格部分。我想知道什么更好用，exactextractr::exact_extract() 或 terra::extract()。任何帮助/指导都会很棒！

epa_fatparcels_sidewalk_adjacent <- 
  epa_parcels_sidewalk_adjacent %>%
  st_transform(projection) %>% 
  st_buffer(330) %>% 
  st_transform(st_crs(epa_ndvi))

tictoc::tic()
epa_ndvi_sr<- terra::rast(epa_ndvi)
epa_fatparcels_sidewalk_adjacent_sv <- epa_yards_sidewalk_adjacent %>%
  st_transform(st_crs(epa_ndvi)) %>%
#--- convert to a SpatVector object ---#
  as(., "Spatial") %>% terra::vect()
epa_fatparcels_ndvi_v2 <- terra::extract(
    epa_ndvi_sr, 
    epa_fatparcels_sidewalk_adjacent_sv, 
    fun="mean"
)
tictoc::toc() #took 17.92 sec elapsed

Answer 1

在提出 R 问题时，请提供一个独立的最小可重现示例。

您可以添加 na.rm=TRUE 以忽略 NA 值

epa_fatparcels_ndvi_v2 <- terra::extract(
    epa_ndvi_sr, 
    epa_fatparcels_sidewalk_adjacent_sv, 
    fun="mean", na.rm=TRUE
)

还有这一行

as(., "Spatial") %>% terra::vect()

大概可以简化为

terra::vect()

至于 exactrextactr --- 如果单元格相对较少，则最重要。使用 terra::extract，您可以使用参数 exact=TRUE 来获得相同的结果。

Answer 2

@MireilleVargas 这可能与栅格 terra::extract() 中使用的列有关。不幸的是，我无法解释为什么它有时会选择错误的列或如何修复它（很想听听任何建议！），但我遇到了同样的问题，但是只有在我的几个栅格中，所以我通过交叉进一步调查在 ArcMap 中引用并发现它正在拉 “计数” 列——它计算每个特定值有多少像素——而不是 “值” 列.我注意到在通过 rast 导入所述栅格和将 RasterLayer 转换为 SpatRast 对象时都会发生这种情况。这或许可以解释为什么它在您使用 raster::extract() 时有效，而在使用 terra::extract() 时却给您留下如此多的 NA。

terra extract() 在 R 中给出 NA 值

2 个答案: