Question

将函数应用于数据帧列表时遇到了一个棘手的问题。最后，我想绘制大量药物使用数据的个人时间序列图表。

我的数据集包含30种不同的抗生素，使用率在5年内每月收集一次。它有3列和1692行。

到目前为止，我已经为每个抗生素类列出了各个数据框。（列表的名称是drug和drug.class是原始数据框中药物名称的字符向量）

drugList <- list()
n<-length(drug.class)
for (i in 1:n){
  drugList[[i]] <-AB[Drug==(drug.class[i]),]
}

例如，我在列表中有30个数据框，其中包含以下列：

[[29]]
           Drug  Usage      DateA
1353 Tobramycin  5.06 01-Jan-2006
1354 Tobramycin  4.21 01-Feb-2006
1355 Tobramycin  6.34 01-Mar-2006
.
.
. 
          Drug  Usage       DateA
678 Vancomycin  11.62 01-Jan-2006
679 Vancomycin  11.94 01-Feb-2006
680 Vancomycin  14.29 01-Mar-2006

在每个绘图之前，执行逻辑测试以确定时间序列是否自相关。列表中的数据是非常长的。我编写了一个执行测试的函数，如下所示：

acTest <- function(){
    id<-ts(1:length(DateA))
    a1<-ts(Usage)
    a2<-lag(a1-1)
    tg<-ts.union(a1,id,a2)
    mg<-lm(a1~a2+bs(id,df=3), data=tg)
    a2Pval <- summary(mg)$coefficients[2, 4]
    if (a2Pval<=0.05) {
        TRUE
    } else {
        FALSE
    }
}

我之前在各个数据框架上测试了所有功能，它们按预期工作。

我正在尝试研究如何将测试应用于药物清单中的每个数据框。我相信如果我能得到帮助，我将能够以同样的方式应用时间序列函数。

提前感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

一些建议：

更改acTest函数，使其实际接受data.frame作为参数。否则，在全局环境中查找（和修改）名为DateA和Usage的对象的函数会遇到很多问题。

acTest <- function(dat){
    id<-ts(1:length(dat$DateA))
    a1<-ts(dat$Usage)
    a2<-lag(a1-1)
    tg<-ts.union(a1,id,a2)
    mg<-lm(a1~a2+bs(id,df=3), data=tg)
    a2Pval <- summary(mg)$coefficients[2, 4]
    if (a2Pval<=0.05) {
        TRUE
    } else {
        FALSE
    }
}

将函数应用于列表的每个元素是R中的常见任务。它（通常）使用lapply完成。

lapply(drugList,FUN=acTest)

最后，您可以通过使用ddply（以及其他）使用一个变量分割数据框的工具，将每个数据框作为单独的列表元素存储，从而执行此类任务，将函数应用于每个部分，然后再将它们重新组合成一个数据帧。在您的情况下，这看起来像：

ddply(AB,.(Drug),.fun = acTest)

条件测试后，列表中数据帧的多个图

1 个答案: